Председателем Верховной следственной комиссии с почти неограниченными правами был назначен граф М. Н. Муравьев — тот самый, который жестоко подавил польское восстание 1863 года и самодовольно говорил о себе, что он не из тех Муравьевых, которых вешают, а из тех, которые вешают.
Только в середине апреля газеты сообщили первые сведения о террористе: «Дмитрий Владимирович Каракозов, уроженец села Жмакино Сердобского уезда Саратовской губернии, православный, русский, из дворян, вольнослушатель Московского университета».
Известие взволновало Ульянова. Он хорошо знал Каракозова. В пензенские годы Дмитрий, его двоюродный брат Николай Ишутин и сам Илья Николаевич жили вместе с Владимиром Ивановичем Захаровым в одном доме. Мучило опасение, но не за себя: даже если Каракозов и припомнит на допросах какие-нибудь подробности из разговоров, которые они вели несколько лет назад в Пензе, то к делу о покушении на царя они все же отношения не имеют. А вот Владимир Иванович может пострадать: он воспитатель Каракозова, к тому же в последние годы не раз встречался с ним.
Опасения за друга были не напрасными. В агентурных сообщениях и доносах, поступивших в Верховную следственную комиссию, имелись прямые указания на то, что истоки «преступных замыслов» Д. Каракозова и других активных членов революционной организации, руководимой Н. Ишутиным, берут свое начало в Пензе. Начальник пензенской жандармерии подтверждал: «Во время нахождения в Пензенской гимназии Каракозов был очень дружен с родственником своим Ишутиным, учившимся вместе с ним в гимназии и квартировавшим у учителя русской словесности Владимира Ивановича Захарова, человека в высшей степени вредного направления и имевшего большое влияние на воспитанников… О Захарове отзываются в Пензе не только как о человеке вредном, но и весьма опасном, по его направлению и искусному умению расположить к себе юношество, вложить в него вредное влияние, гибельное направление и распалять в молодых людях враждебные страсти».
Словом, против Захарова набиралось немало улик. Однако Дмитрий Каракозов отрицал, что совершил покушение под его влиянием, и утверждал, что знал Владимира Ивановича только как учителя литературы.
Фамилия Ильи Николаевича также была «на виду» у следователей. Член ишутинского кружка Странден, учившийся в свое время в пензенском Дворянском институте, был привлечен по каракозовскому делу и на вопрос следователя о его знакомых в Нижнем ответил: «Кроме родственников Васильева и бывших моих учителей, Ульянова и Ауновского, знакомых я там не имел». Не ускользнул от внимания жандармов нижегородский адрес Ульянова и в бумагах ишутинца Федосеева — тоже в свое время учившегося в Пензе. На требования объяснить причины записей некоторых фамилий Федосеев ответил: «По какому случаю и для чего записаны мною адреса Ульянова, Христофорова и Умнова, я припомнить не могу».
