Для начала выяснилось, что первые серийные самолеты для войсковых испытаний могут получить только двигатель J-40 вместо запланированных J-67. Одновременно стало ясно, что задержится и программа электронной системы наведения МХ-1179. Обнаружив нереальность завершения разработки в срок, ВВС уже мало могли повлиять на события. Однако задержка позволила пересмотреть некоторые планы. В частности, было решено более осторожно подойти к треугольному крылу "Конвэр". Предполагалось сократить заказ на истребители с двигателем J-40, а "окончательным" перехватчиком было решено выбрать вариант с двигателем J-67.
В результате этих изменений проекта в декабре 1951 года было решено, что промежуточный вариант получит обозначение F-102A, а "окончательный" – F-102B. Кроме того, сдача первого F-102A на заводе в Сан-Диего была запланирована на июнь 1953 года, а что касалось F-102B – тогда предполагалось, что принципиальных отличий в конструкции между двумя вариантами не будет – его готовность определялась по мере возможности. Но в последствии компоновка F-102B претерпела существенные изменения, и в конце концов этот вариант получил обозначение F-106A, а его поступление на вооружение состоялось аж в мае 1959 года. Такое долгое проектирование было результатом затянувшейся борьбы с многочисленными проблемами. Что касается F-102A, то он имел проблем не меньше, причем большинство из них было связано не столько собственно с проектированием, сколько с теорией аэродинамики и механики.
Но к началу 1952 года все это было еще в будущем, проект успешно продвигался… Первый намек на будущие неприятности появился в ноябре, когда предстояло пройти барьер макетной комиссии. Помимо некоторых второстепенных изменения ВВС потребовали установку на F-102 внешних подвесок вооружения. Пересмотру подверглась и компоновка кабины, так как к концу 1952 года стало ясно, что никаких надежд на установку полной системы MX-1179 нет. В результате было решено установить менее сложную систему управления огнем "Хьюз" Е-9, позже получившую обозначение MG-3.
Как будто этого было мало, на проект "Конвэр" обрушились более серьезные неприятности – "полез" вес. Перетяжеленность самолета достигла неприемлемого уровня. Мощности двигателя J-40 уже не хватало для обеспечения требуемых летных характеристик. Как следствие, было решено перейти на более мощный двигатель "Пратт & Уитни" J-57-P-11. Тяга этого двигателя достигала 4944 кг (6577 кг на форсаже), но он был тяжелее. Также к росту взлетного веса привели решения установить новую систему управлением огнем и внешние подвески вооружения.
