Следует отметить, что практически сразу после создания гражданского управления на оккупированной части СССР начала проводиться политика различных ограничений сферы его компетентности. Так, уже приказом Гитлера о полицейской безопасности новых занятых восточных территорий от 17 июля 1941 г., рейхсфюреру СС и шефу германской полиции Генриху Гиммлеру было поручено ведение ими в своей сфере. Таким образом, РСХА и входивший в группу IVB службы IV «церковный» реферат IV ВЗ распространили область своей деятельности далеко на Восток. С 4 февраля 1944 г. после реорганизации гестапо религиозными делами в РСХА занимался фахреферат IV A4, входивший в группу IVA службы IV. Возглавлял эту работу штурмбаннфюрер СС Нейгауз.
В оперативном отношении РСХА подчинялись командующие полиции безопасности и СД «Остланда» и «Украины». Формально они входили в штабы рейхскомиссаров, а подведомственные им органы полиции в подразделения генерал- и гебитскомиссаров, однако органы гражданской администрации не имели права возражения генеральным распоряжениям РСХА. Если представители этого ведомства и делали при своей фактической враждебности очень редкие и малозначительные уступки в пользу Русской Церкви, то только в случае крайней необходимости, под давлением международного, пропагандистского или военного факторов. Именно в РСХА созревали планы ликвидации православия после окончания войны.
Особая нетерпимость по отношению к Церкви была характерна для высшего руководства НСДАП. А важнейшие директивы относительно религиозной политики на Востоке, хотя и готовились представителями различных органов власти, исходили в конечном счете именно от него и, в частности, лично от А. Гитлера. Кроме того, и руководитель Партийной канцелярии Мартин Борман постоянно стремился самым активным образом участвовать в подготовке и принятии этих директив. Из сотрудников его ведомства делами Церквей, в том числе Русской, непосредственно занимался берейхсляйтер Шмидт-Рёмер.
Первые циркуляры относительно религиозной политики на Востоке появились еще за месяц-полтора до начала войны с СССР. В процессе непосредственной подготовки к ней некоторые германские ведомства попытались наметить свой подход к этой немаловажной проблеме. И уже в это время ярко проявились отмеченные выше особенности их позиций. Так, в приложении к указу шефа Верховного командования вермахта (ОКВ) Кейтеля от 19 мая 1941 г. «Образ действия германских воинских частей в Советском Союзе» ничего не говорилось о каких-либо стеснениях и ограничениях церковной жизни: «Большая часть русского населения, особенно обнищавшее от большевистской системы сельское население, внутренне отрицательно относится к большевизму. В небольшевистских русских людях национальное сознание связано с глубоким религиозным чувством. Радость и благодарность за освобождение от большевизма часто будет находить выражение в церковной форме. Не следует препятствовать или мешать благодарственным богослужениям или процессиям»
