Третьим использованным германским архивом является Бундесархив-Милитерархив во Фрейбурге (ВА-МА), материалы которого позволяют исследовать церковную политику военной администрации на оккупированных территориях СССР. В фонде командующих армейскими тыловыми областями хранятся указы, определившие отношение к Русской Церкви военнослужащих вермахта, деятельность в этой области военной администрации и армейских отделов пропаганды (RH22/7, 171, 272а). А одно из дел составляет доклад о переговорах представителя командующего частями вермахта на Украине с православным епископом Николаевским (RH22/160). В фонде комендантов тыловых армейских областей были обнаружены интересные документы о деятельности Псковской духовной миссии на Северо-Западе России в 1942–1943 гг. (RH23/281). Материалы Верховного командования армии (ОКХ)/Генерального штаба армии свидетельствуют об определенном внимании, которое ОКХ уделяло церковной проблеме в России. Здесь можно встретить и суждение Восточного отдела чужих армий о необходимости изменить религиозную политику на Востоке от 25 ноября 1942 г. (RH2/2089) и подборку подробнейших сведений из прессы, сообщений радио, допросов военнопленных, донесений разведки о церковной жизни в СССР за июль 1944 — апрель 1945 гг. (RH2/2336) и доклады абвера 1943 г. о настроениях населения в религиозной сфере на Украине и Северо-Западе России (RH2/2560).
В фонде Верховного командования вермахта (ОКВ) привлекают внимание доклады, отчеты, информационные записки отделов пропаганды при командующих армейскими тыловыми областями, содержащие информацию о деятельности различных конфессий на оккупированной территории СССР (RW4/v.235, v.236), а также русской эмигрантской организации НТС в Смоленске (RW4/v.254). Подобная же информация имеется в ежемесячных докладах за 16 октября 1941–17 июня 1942 гг. командующего частями вермахта на Украине в фонде территориальных командующих в СССР (RW41/1). Наконец, необходимо упомянуть дело «Вербовка в армию Власова, 1944–1945», в котором говорится о душепопечении пленных советских солдат и офицеров, хранящееся в фонде лагерей военнопленных, рабочих и строительных команд военнопленных (РН49/111).
В архиве Института современной истории в Мюнхене (IfZ) так же, как и в Бундесархиве, имеется фонд РМО. Он меньше по объему, но содержит много важных документов, отсутствующих в Берлине. Особенную ценность в этом плане представляет большая их подборка, рассказывающая о германской политике по отношению к Русской Церкви в Прибалтике 1942–1943 гг. (МА 794,795, 797). Есть отдельные подобные материалы и в других делах РМО, дающих больше сведений о душепопечении военнопленных или деятельности генерала Власова (МА 246, 540, 541, 546). Судьба власовского движения, в котором участвовали и православные священники, прослеживается также в документах ОКХ (МА 143). В свою очередь, дела Внешнеполитической службы «Восток» включают в себя информативные сводки и докладные записки о положении Православных Церквей на территории Германии, Польши и Украины в 1934–1942 гг. (МА 128/1, 128/3, 128/7).
