Однако западные спецслужбы хорошо вложились в проект. За счет щедрого финансирования идеи группы Фоменко активно публиковались. В итоге 22 апреля 1998 года ситуация, сложившаяся вокруг теории Фоменко, обсуждалась на расширенном заседании бюро Отделения истории РАН. «Новая хронология» была охарактеризована как лженаука, как «сознательная грандиозная историческая фальсификация в форме исторического сочинения», её массированная пропаганда — как «деструкция общественного сознания».
Голословно апеллируя к астрономии, фоменковцы тут же получили отпор. Профессиональные астрономы, например в лице Ю.Н. Ефремова, решительно не приняли гипотез Фоменко; против первых публикаций А.Т. Фоменко неоднократно высказались сотрудники Астрономического института им. Штернберга. Астрономическая критика продолжалась и позже. Так, в 1987 году астрономы Ю.Н. Ефремов и Е.Д. Павловская опубликовали в «Докладах АН СССР» 4-страничную статью, опровергающую выводы Фоменко по датировке «Альмагеста».
Ю.Н. Ефремов (ныне член бюро Научного совета РАН по астрономии) и далее продолжал активно полемизировать с теорией Фоменко. В 2001 году вышел сборник статей разных авторов «Астрономия против «новой хронологии»».
21 декабря 1999 года в МГУ состоялась конференция «Мифы новой хронологии». В конференции, на которой работы Фоменко были квалифицированы как часть явления фолк-хистори, приняло участие большое число специалистов: историков, археологов, филологов, математиков, физиков, астрономов. Фоменко был приглашен на эту конференцию, но не явился.
Позднее накал дискуссий снизился, поскольку от прямых дискуссий в научной печати авторы «Новой хронологии» самоустранились, обратившись в коммерческих изданиях к широкой публике. Как и требовал спецпроект «деструкция сознания», совершенно равнодушный к честным поискам истины.
K настоящему времени общее число книг А.Т. Фоменко и его группы составляет около 90. В 2004 году Анатолию Фоменко в соавторстве с Глебом Носовским за книги из серии «Новая хронология» была присуждена Антипремия «Абзац» в номинации «Почётная безграмота» - за «особо циничные преступления против российской словесности».
Но если Фоменко с Носовским путем шулерских расчетов по заранее заданному бедной вычислительной машине алгоритму УКОРОТИЛИ историю, то есть и те, кто её столь же шулерски УДЛИНЯЕТ. Причем, что удивительно (но не для психической войны), – пропагандой удлинения и укорачивания истории ОДНОВРЕМЕННО занимаются одни и те же люди и центры. Как говорил увешанный сосудами дьявол подвижнику в пустыне, «Несу питие братии; не понравится одно, предложу другое»…
