27 сентября 1941 года решением Военного совета фронта тройка была преобразована в Ленинградский штаб партизанского движения, который возглавил секретарь обкома ВКП(б) М.Н. Никитин. В Совет штаба наряду с ним и Алексеевым вошли начальник УНКВД Кубаткин и начальник разведывательного отдела штаба Ленинградского фронта полковник Евстигнеев, вскоре получивший звание генерал-майора.
Теперь, имея уже некоторый накопленный опыт, ЛШПД и начальник партизанского отдела штаба Ленинградского фронта улучшали руководство партизанским движением, для начала четко распределив функциональные обязанности. При помощи полковника Евстигнеева боевые действия партизан увязывались с оперативно-тактическими задачами частей и соединений фронтов. Ускорилось прохождение добытых разведывательных данных о противнике, так как все партизанские бригады, полки и значительная часть отрядов теперь имели радиосвязь с ЛШПД и со штабом Ленинградского фронта.
Хотя 4-й отдел УНКВД и отошел от непосредственного решения вопросов партизанского движения, Кубаткин, оставаясь в составе Совета, владел информацией о планах руководства штаба и трудностях, сопутствовавших партизанскому сопротивлению, и мог координировать зафронтовую работу УНКВД с деятельностью партизан.
Зимой 1941–1942 гг. партизанскому движению требовались серьезная поддержка и помощь, в том числе и со стороны чекистов.
Кожевников в той части своих воспоминаний, которая касается состояния партизанского движения, отмечает, что «разрозненные группы и партизанские отдельные отряды создавали большие трудности в части связи, снабжения оружием, боеприпасами. Это также не дало возможности взять в руки массированные, тактические операции партизанской войны. Отдельные отряды стали сводить в более крупные подразделения — партизанские бригады. В 1942 году работа по формированию бригад была закончена. Насколько я помню, зимой 1942 года начальник управления и я были вызваны к члену Военного совета тов. А.А. Жданову, у него был начальник штаба партизанского движения М.Н. Никитин. Тов. Жданов очень коротко побеседовал о нашей работе, об успехах партизанского движения и потом прямо поставил вопрос о необходимости нашей работы и обязательного присутствия чекистов в партизанских бригадах, в качестве уполномоченных по аналогичной работе контрразведки в армейских соединениях».
То есть, как видим, чекист в партизанском отряде — это прежде всего контрразведчик. Чтобы противостоять антипартизанской работе абвера, требовались профессионалы, без которых отряды заполонила бы немецкая агентура. Впрочем, партизанскому движению на выходе из зимнего периода 1942 года требовалась разносторонняя помощь.
