После утверждения плана работа по нему неукоснительно продолжалась, и 23–25 сентября 1941 г. все начальники райотделов УНКВД представили Меркулову специальные сообщения о ходе ее выполнения. Тем не менее он потребовал к 30 сентября дать в письменной форме ответы на ряд вопросов касательно подробностей реализации плана: о степени готовности отдельных мероприятий, в частности, о выделении инструкторов и проведении с ними инструктажей по использованию взрывчатых веществ, о наличии взрывчатки, готовности связных и т. д. Особое внимание уделялось необходимости налаживания взаимодействия с предприятиями энергетического блока, связи и водопровода.
Как всегда в подобного рода случаях, остро стоял вопрос конспирации, а также готовности органов внутренних дел к пресечению любых попыток сопротивления со стороны рабочих и персонала предприятий. Это было связано с работой вражеской пропаганды: немцы в своих листовках призывали население города не допустить уничтожения ленинградских заводов, подчеркивая, что тем самым уничтожаются «средства, необходимые для восстановления вашей родины». В одной из листовок немецкие пропагандисты призывали ленинградцев «собраться с силами и занимать свои фабрики и заводы» и сопротивляться «преступным поджигателям и взрывателям».
В докладных записках начальников райотделов УНКВД указывалось, что подготовку к проведению спецмероприятий удалось в целом провести скрытно от населения, хотя очень маловероятно, что такую масштабную операцию удалось полностью законспирировать. По крайней мере партийный актив и специалисты наверняка о ней не просто догадывались, но и знали.
Материалы немецкой разведки свидетельствуют о том, что и противник был осведомлен о проводившихся в городе мероприятиях, о чем свидетельствуют, например, уже упоминавшиеся листовки. Тем более что речь шла об уничтожении не только важных оборонных и промышленных предприятий, но и соединяющих районы города мостов — эта часть плана обеспечивалась воинскими частями по указанию Военного Совета Ленинградского фронта. Так, в донесении военной разведки штаба 18-й армии о положении в городе в период с 25 сентября по 3 октября 1941 г. говорилось о том, что «предприятия, мосты, а также, по-видимому, водопровод заминированы и подготовлены к взрыву представителями центральных органов». Впрочем, никаких разведданных в данном случае не требовалось: едва ли хотя бы один военный мог сомневаться в том, что в случае оставления города мосты будут взорваны. Кстати, немецкая разведка в 1942 году, направляя своих разведчиков в Ленинград, ставила перед ними задачу выяснить, какие объекты продолжают оставаться заминированными.
