Вскоре Великовски уехал в Вену, стал супругом юной скрипачки Элишевы Крамер.
В Вене он редактировал журнал «Скрипта Университатис» — огромный академический труд, в котором сотрудничал Альберт Эйнштейн, возглавляя раздел физико-математических наук. Великовски также изучал психоанализ под руководством Вильгельма Штекеля, ученика Зигмунда Фрейда, и занимался изучением работы мозга в Цюрихе.
К 1924 г. Великовски и его жена оказались в Палестине, где у него была частная практика психоаналитика. Он продолжал академическую работу редактора в журнале «Скрипта Академика Хиеросолимитана» — крупном еврейском издании. 1930 г. ознаменовался публикацией его собственной первой оригинальной статьи, в которой было доказано, что для эпилептиков характерны ярко выраженные патологические энцефалограммы. Часть его статьи появилась в труде Фрейда «Имаго». Но труд Фрейда «Моисей и монотеизм» посеял то роковое семя, которое привело Иммануэля Великовски, оторвав от спокойной работы по исцелению разума и от великих замыслов, к мировой известности, к десяти годам академического остракизма и последующей жизни в позоре и презрении.
«Семя» заключалось в навязчивом вопросе, был ли герой Фрейда монотеистом, борющимся с традиционными верованиями, фараоном Эхнатоном, моделью из реальной жизни для Эдипа. Эдип — легендарная личность, его странные желания и худшие действия, по заявлениям фрейдистов, лежат в основе психологии всех юношей.
Позднее Великовски утверждал в работе «Эдип и Эхнатон», что фараон был, на самом деле, моделью из реальной жизни для трагического и легендарного Эдипа. В 1939 г. ученый взял годичный отпуск и вместе с семьей отправился в Соединенные Штаты всего на несколько недель — перед самым началом Второй Мировой войны. Следующие восемь месяцев он провел в крупных библиотеках Нью-Йорка, занимаясь исследованиями.
В апреле 1940 г. перед живым любознательным умом Великовски, хорошо знающего историю древнего мира и поглощенного еврейской религией, возник еще один ключевой вопрос. Есть ли в египетских памятниках какие-нибудь сведения о великих катастрофах, описанных в Библии, предшествовавших Исходу?
Великовски продолжил поиски и нашел то, что называется «Папирусом Ипувера» — комплект листов папируса с жалобами египетского мудреца по имени Ипувер. Там говорится о ряде катастроф, обрушившихся на его любимую страну. Катастрофы сопоставимы с казнями египетскими из книге Исхода. Первоисточник общеизвестного описания впервые появился в библии короля Якова: «град и огонь между градом», побивший все, что было в поле.
