В 1762 году Морской шляхетный кадетский корпус принял под директорство капитан 2-го ранга Иван Логинович Голенищев-Кутузов, ставший позднее адмиралом и даже президентом Адмиралтейств-коллегии. Под его началом Кадетский корпус начал расцветать.
Таким образом, Ф. Ушаков захватил как бы два периода, когда вообще ставился вопрос о целесообразности существования Морского кадетского корпуса и период начала его расцвета. Захватил он плац-парадную муштру при Петре III и заботливое желание педагогов и командиров приобщить кадет к самым последним достижениям мореходных наук.
Голенищев-Кутузов оказался недюжинным организатором. Он взялся организовать как теоретическое обучение, так и наладить практические навыки. Пригласил лучших преподавателей, очертил круг их обязанностей. В первую очередь определил обязанности профессора математики и навигации, от которого потребовал «обучать кадет высшим наукам», «учителям давать наставления», а «ученикам большой астрономии читать лекции в математических классах». Из учеников большой астрономии выросли будущие преподаватели, а из математических классов после различных перемен выросли офицерские классы при Морском корпусе (впоследствии Николаевская морская академия).
Кадет обучали французскому, английскому и немецкому языкам, так как «и знание иностранных языков очень нужно для морского офицера в его службе, ибо морской офицер в своей службе имеет частые сношения с иностранцами и, кроме того, для достижения совершенства в своем искусстве должен читать иностранные книги о мореплавании, каких книг на русском языке, кроме самого малого числа их, вовсе нет». До этого обучение языкам велось из рук вон плохо и, по словам М. И. Кутузова, «от начала корпуса с 1752 года ни единого офицера, знающего иностранные языки, из оного не выпущено». Возможно, и преувеличивал, дабы подчеркнуть свое рвение, новый директор, но доводы его были убедительны, и Адмиралтейств-коллегия увеличила число учителей иностранных языков. Кутузов «демократизировал» корпус, обратившись с просьбой оставить при нем 50 человек учеников из низших сословий, из так называемой «русской школы». Директор видел в них «рвения великие» и предлагал производить самых способных из них в учителя, других в типографские служители при Морском корпусе, мастеров для инструментальной мастерской, «адмиралтейства» и «для художеств».
Адмиралтейств-коллегия с доводами Кутузова согласилась и, более того, постановила восстановить при корпусе геодезический класс «для описи берегов и земель, снятия планов, описи лесов и т. п.».
