Однако определяющей чертою философского и физического курсов академии было неукоснительное следование Аристотелю, точнее: умозрительная интерпретация его богатейшего философского и естественнонаучного наследия. Вот что писал в XIX в. историк Славяно-греко-латинской академии по поводу объема и уровня физических знаний ее тогдашних преподавателей: «Писания их представляют одно и то же содержание, писаны в том же схоластическом духе, даже во многом сходятся между собою буквально. В основании было одно: книги Аристотеля и комментарии на них, составленные во множестве перипатетиками средних веков. Оставалось по строго определенному плану строить здание науки, и наставники не отступали от него в существенных пунктах. Они только разнообразили язык, переставляли трактаты с одного места на другое, что мы и видим во всех учебниках академии».
Ломоносов сразу же выделился среди учеников своими дарованиями и исключительным прилежанием. Через полгода его перевели из нижнего класса во второй и еще через полгода — из второго в третий. Год спустя он уже настолько был силен в латинском языке, что мог сочинять на нем небольшие стихи. Вскоре он начал изучать греческий язык.
Сознание молодого Ломоносова, насыщенное впечатлениями от живого и непосредственного общения с северной природой, изнемогавшее в ожидании исчерпывающего ответа на те вопросы, которые он пронес с собою от берегов Белого моря до Москвы, не было удовлетворено. Аристотель, его средневековые комментаторы, ученые монахи Заикопоспасского монастыря предлагали ему стройную, логически упорядоченную, выверенную в деталях схему природы, которая, однако, не имела ничего общего с действительной природой. В этом убеждали Ломоносова его опыт, его собственные наблюдения (естественно, не учтенные ни в трудах великого античного мыслителя, ни в учебных пособиях академии), Уже были прослушаны курсы географии, истории, арифметики, прочитаны книги по философии и мироведению в академической библиотеке, а ответа на свои вопросы юноша не находил.
Осенью 1734 года Ломоносов обратился к архимандриту с просьбой послать его на один год в Киев учиться философии, физике и математике.
Киево-Могилянский коллегиум, куда с надеждой устремился Ломоносов, был «старшим братом» Славяно-греко-латинской академии. Он славился на всю Россию своими преподавателями-«латинщиками», философами, риторами, историками, грамматиками. Библиотека коллегиума поражала современников богатством собранных в ней книг. Однако, вопреки ожиданиям, Ломоносов и в Киеве не нашел новых знаний по естественным наукам. И в Киеве умами физиков деспотически владел все тот же Аристотель.
