А тут еще всякие мелкие неприятности. Сперва не сложились отношения с командиром «Тунгуса». В Николаевске командир списался на берег (он был и в самом деле слаб). Честолюбивый Макаров надеялся, что теперь командиром назначат его самого. По-видимому, это желание следует считать несколько преждевременным. Во всяком случае, так рассудило начальство, и на шхуну был прислан новый командир. Макаров счел себя уязвленным. К тому же никаких вестей из Петербурга не поступало, так что об успехах своих изобретений Макаров почти ничего не знал. Или, может быть, его недавний успех уже там забыт?..
В этот момент давний знакомый Макарова, ставший теперь владельцем крупной пароходной компании, предложил ему перейти на службу в торговый флот. Оклад и перспективы обещаны были самые блестящие. В первый (и последний) раз в жизни он заколебался в своем призвании. Уж не оставить ли тяжелую военную службу? Но вот неожиданно из Петербурга пришло предписание: лейтенанту Макарову надлежит явиться в столицу в распоряжение адмирала Попова. Недолгие сомнения были оставлены. Зимой 1872 года Макаров по бесконечному сибирскому тракту выехал в Петербург.
Здесь под руководством адмирала Попова Макаров стал заниматься разработкой водоотливных средств для строившихся судов. Перед ним открылось широкое поле деятельности. Вскоре он стал главным специалистом по вопросам непотопляемости кораблей. За три года он опубликовал в «Морском сборнике» четыре большие статьи на эту тему. Он принимал участие в постройке и проектировании судов и в совершенстве освоил кораблестроительное дело. Именно в это время Макаров получил необходимую подготовку, чтобы впоследствии стать создателем первоклассного русского ледокола «Ермак».
«Пластырь Макарова» прочно вошел во флотскую практику, название это сделалось нарицательным термином. 17 марта 1873 года начальник броненосной эскадры вице-адмирал Бутаков издал приказ, в котором говорилось: «На судах броненосной эскадры в 1870 году было 3 пластыря лейтенанта Макарова, а с 1871 года все суда снабжаются ими». Далее адмирал перечислял удачные случаи применения пластыря, которые привели к спасению нескольких судов. А затем в том же документе делался следующий весьма лестный вывод: «Польза всегда готового способа закрыть внезапную пробоину на всяком судне очевидна, и доселе нет для этого лучшего средства, как упомянутый пластырь лейтенанта Макарова».
Адмирал А. А. Попов был одаренным и своеобразным кораблестроителем, под его руководством Макаров прошел хорошую инженерную школу. Правда, школа эта оказалась не слишком-то легкой: нужно было без устали лазать по трюмам кораблей, возиться с насосами и помпами, порой чуть ли не ползком протискиваться в узкое пространство между двумя днищами и т. п. При этом приходилось смиряться с крутым нравом раздражительного адмирала. Макарову довелось в то время много заниматься различными математическими расчетами. В архиве сохранились его тетради, листы которых густо испещрены всякого рода сложными вычислениями, формулами, чертежами и т. п.
