Досуг свой, а его было довольно много во время долгого плавания, Макаров использовал для учебы. Вот записи в его дневнике: 3 декабря 1863 года: «Утром читал всеобщую историю, а после обеда географию». 4 декабря: «Утром читал алгебру Сомова, а после обеда географию». 11 декабря 1864 года: «...Сажусь за тригонометрию или алгебру, далее идет обед, после чего я сажусь читать что-нибудь: соч. Ломоносова, „Одиссею“ или что-нибудь в этом роде». Не стоит приводить поистине бесчисленные записи такого рода, отметим лишь, что никто решительно во все эти месяцы не понуждал Макарова к занятиям.
Но даже ему, столь рано ставшему на самостоятельный путь юноше, очень нужен был умный и благожелательный старший наставник. С детских пор Макаров признавал высокое значение авторитета. Он писал тогда в своем дневнике: «Я не даю себе случая лениться, а, напротив, постоянно занимаюсь... а что в этом есть худого, так это то, что я сразу берусь за все, а как известно, кто за двумя зайцами погонится – ни одного не поймает... Эх, ежели бы я имел с моего раннего возраста хорошего наставника, который бы мог установить твердо мой характер и заставить меня прямо и неуклонно следовать по одному направлению, не сбиваясь с дороги...» Как отличаются эти серьезные и зрелые слова от обычного для юношеских лет своеволия и капризности! Приходится, видимо, на примере молодого Макарова еще раз подумать о пользе спартанского воспитания и раннего приобщения к труду...
Старшие командиры, с которыми довелось плавать Макарову, не могли не обратить внимания на способного и дисциплинированного юношу. Заметил скромного кадета и сам адмирал Попов. Он стал приглашать его к себе, беседовать с ним. Видимо, искренне привязался к нему.
В мае 1864 года они должны были расстаться: Попов на «Богатыре» оставался у американских берегов, а Макаров на другом судне уходил на родину. Сцена прощания воспроизведена в дневнике пятнадцатилетнего кадета с наглядностью документальной киносъемки: «...Я пошел к адмиралу проститься, его я застал за своим столом – он что-то читал. Когда я вошел, он обернулся.
– Ваше превосходительство, позвольте вас поблагодарить, – начал я, – за все, что...
– А, садитесь-ка вот тут, – он указал на постель. Я сел.
– Не хотелось бы мне с вами расставаться, да что делать, нужно... – Голос у него был более мягок и нежен, чем когда-нибудь. – Вы, разумеется, не будете сердиться на меня, – продолжал он, останавливаясь на каждой фразе, – если я вас иногда ругал, это я делал для чистой вашей пользы. В вас есть много добрых начал, но вы еще были не слишком подготовлены, чтобы жить между большими, потому что многие из них совсем не понимали, что с вами они не могут обращаться, как со своими товарищами, что они не могут вам говорить всего, что могли бы сказать своему брату. Все время вы вели себя хорошо; это доказывается уж тем, что все вас любили... Ну да знайте, что я вас люблю; если нужно будет, так я пригожусь. Может быть, еще Казакевич отошлет вас в Петербург; ну да вы и так не пропадете, если не будете думать о себе очень много. – Он начал искать что-то у себя в шифоньерке.
