Дальше в программе обучения шли астрономия и география, которые в основном опирались на «Алмагесту» Птолемея и его же «Географию». В «Алмагесте» указано положение и яркость 1028 звезд, детально разработана геоцентрическая модель мира. Затем учащиеся знакомились с теорией музыки и учением о математических отношениях.
Следующий этап обучения заключал в себе философию. «Наука наук», как говорили о ней, излагалась таким образом. Сначала ученик должен был твердо усвоить теорию и классификацию наук, понять, как применяются они на практике, различать их типологию. За этим следовала логика в изложении Аристотеля. Она полностью вытекала из свода логических сочинений древнегреческого мыслителя, которому поздние его последователи дали название «Органон». И прежде чем приступить к изучению этой науки, ученики под руководством учителя тщательно штудировали «Введение в „Категории“ Аристотеля» или «О пяти общих понятиях» философа-неоплатоника Порфирия, где он дает определение роду, виду, отличительному признаку, существенному признаку и случайному признаку. Эта работа Порфирия была в средние века главным источником знакомства с логикой Аристотеля. Однако изучение логики было не самоцелью. Логику сам Аристотель называл аналитикой и считал, что она необходима как инструмент научного исследования. На это нацеливали учеников и «Братья чистоты».
Вслед за «Введением» Порфирия ученик приступал к изучению первой части «Органона» — «Категории». «Категории», в свою очередь, также делились на три части, в каждой из которых давались семантические различения и терминологические определения сущностей вещей, классификация предикатов и соответствующих им формальных родов бытия. Вторая часть и третья «Категории» — «Герменевтика» и «Первая аналитика». «Герменевтика» переводится примерно как «наука о языковом выражении мысли». Здесь освещается теория предложения и суждения. В «Первой аналитике» — теория силлогизмов. Во «Второй аналитике» приводится теория доказательства, определения и познания принципов. На этом первая часть программы «Братьев чистоты» заканчивалась.
Обладая необходимым инструментом познания, учащийся теперь мог перейти и к изучению природы. В следующих восьми трактатах — с 14-го по 21-й — ученики знакомились с аристотелевской физикой, учением о материи, форме, месте, времени, движении; учением о небе и земле; о четырех элементах; о явлениях в эфире (метеорология); о минералогии. Затем следовали ботаника и зоология.
