После победы немецких князей над крестьянами они настолько упрочили свое положение, что на рейхстаге в Шпейере в 1526 г. лютеранские правители добились, чтобы сами князья и городские магистраты определяли церковное устройство на своих территориях. Князья стали во главе церкви в своих землях. Сам Лютер считал это только временным переходным решением. Но князья и не думали выпускать из своих рук полученный контроль над церковью, тем более что почти все церковные и монастырские земли и имущество государство забрало себе. Частично это имущество было распродано, но основная часть оказалась у князей, а сама лютеранская церковь, по сути, превратилась в элемент государственного бюрократического аппарата.
Поэтому, когда ставший императором после отречения Карла V его брат Фердинанд 1 попытался в 1529 г. пересмотреть решения шпейерского рейхстага, евангелические правители заявили решительный протест, отчего это вероисповедание стало называться протестантизмом.
На тех территориях, которые остались католическими, правители также стремились взять церковь под свой контроль. Так, баварские герцоги заключили союз с иезуитским университетом в Ингольштадте, чтобы вместо епископского установить за церковью надзор светской власти. Это шло в русле необходимого католического обновления, так как слишком многие священники или не отвечали новым требованиям соблюдения строгости нравов, или подпадали под влияние учения Лютера. Такую «контрреформацию» нельзя считать простой реакцией римской церкви на Реформацию. Учения Лютера, Гуса и Кальвина лишь усилили уже давно существовавшие внутри католицизма реформаторские круги, выступавшие против церковной коррупции, за повышение образованности клира, чтобы возвратить в лоно католической церкви тех людей, которые восприняли учение Лютера, и наставить их на путь истинный.
Во всяком случае, и Реформация, и католическое обновление были поставлены на службу правителям отдельных территориальных государств. Князьям по политическим мотивам и в условиях крайне запутанных прав на владения был необходим объединяющий духовный элемент. А поскольку религия пронизывала все сферы жизни, то этим элементом могло стать только единство вероисповедания. Поэтому в 1555 г. был наконец заключен Аугсбургский религиозный мир, который окончательно признал равноправие лютеранства и католичества, провозгласив принцип: «чья земля, того и вера». Это означало, что забота о спасении души является отныне делом князя, а не каждого отдельного верующего, который должен исповедовать ту же религию, что и правитель. Впрочем, у несогласных с этим оставалось право эмигрировать туда, где для каждого была узаконена близкая ему по духу религия.
