В ходе своей программы по завоеванию господства над восточными христианами Григорий свел дружбу с императором Византии Михаилом VII. Юный император откликнулся на предложение потому, что нуждался во всех соратниках, каких только мог заполучить. Он заявил свои права на трон, когда его тесть император Роман Диоген был ранен в сражении и взят в плен наводнившими страну турками-сельджуками. Когда он оправился от ран, турки отпустили его на свободу. Обнаружив, что его спасло вмешательство зятя Михаила, Роман попытался вернуться на трон, но на сей раз был пленен бывшими подданными, прибегшими к обычному для Византии (и Венеции) способу избавления от притязаний свергнутого властителя, не убивая его: Романа приговорили к ослеплению. Впрочем, выкалывая ему глаза, палачи так переусердствовали, что спустя несколько дней Роман скончался. Впавшие в ярость его друзья и родственники тотчас же образовали клику противников юного Михаила VII, куда вошел и род Комнинов – предыдущая династия правителей Византии.
В то же самое время Восточная империя лишилась своих последних владений в Италии, захваченных норманнами под предводительством Робера Жискарда – видимо, по наущению своего герцога, всего семью годами ранее завоевавшего всю Англию. В 1073 году турки ворвались в Малую Азию, потеснив границы Византии в тот же год, когда Жискард со своими норманнами захватил Сицилию. Папа Григорий поощрял норманнов в Италии, потому что завоеванные ими земли тотчас же отрекались от православия в пользу римской церкви.
Лишившись территорий на востоке и западе, Михаил VII в попытке выровнять положение прибег к дипломатии, предложив обручить малолетнюю дочь Робера Жискарда со своим младенцем сыном – наследником империи. Папа Григорий с энтузиазмом поддержал предложенный союз, делавший византийской императрицей римскую католичку.
Между тем выяснилось, что Михаил VII совершенно не способен сдержать распад Восточной империи, и в 1078 году поднял мятеж губернатор провинции по имени Никифор. Михаил даже не попытался дать ему отпор, просто-напросто удалившись в монастырь, ради чего покинул собственную жену. Будучи дамой сугубо практичной, да при том одной из первых красавиц страны, она предложила руку новому императору, каковой предложение принял. Разъяренный таким оборотом дел Папа Григорий преподнес молодоженам свадебный подарок в виде декреталий об отлучении. Не прошло и полгода, как вспыхнул новый мятеж, на сей раз поднятый византийским полководцем, заключившим сделку с турецким султаном Сулейманом. Взять Константинополь полководец не сумел, но уговор позволил Сулейману дойти до самой Вифании и взять священный город христиан Никею, сделав его своей новой столицей, удаленной от Константинополя менее чем на полторы сотни километров.
