Генрих же созвал Собор, дабы назначить Папу по своему произволу, уготовив этот сан архиепископу Виберто ди Парма, воцарившемуся в Риме как Климент III. По смерти Григория в изгнании, пока в Риме еще властвовал антипапа Виберто, сохранившие верность церкви кардиналы избрали Папой аббата бенедиктинского аббатства в Монте-Кассино, нареченного Виктором III. Наделенный весьма хрупким здоровьем, Виктор не успел свершить ничего существенного до смерти, последовавшей менее чем через два года. О выборе следующего Папы кардиналы смогли договориться лишь к марту 1088 года. Им стал Оттон де Лажери, трезво мыслящий кардинал-епископ Остии, принявший на папском престоле имя Урбан II.
Вокруг себя новый Папа видел лишь политическую и духовную скверну. Могущественнейший правитель христианского мира на Западе не только числился среди мирских врагов римской церкви, но и состоял в союзе с императором Византии – сильнейшим духовным врагом римской церкви. Антипапа Виберто восседал на Престоле Петровом. Сборы церкви фактически сошли на нет. Расценив ситуацию, любой заурядный человек впал бы в отчаяние, но Урбан II был незаурядным человеком и незаурядным Папой. Каким бы целеустремленным и сосредоточенным на своей миссии он ни был, самонадеянность Григория VII в достижении цели была ему совершенно чужда. Он умел убеждать, умиротворять, идти на компромиссы и даже лебезить. В те времена бывало довольно простой вежливости и рассудительности, чтобы завоевать доверие собеседника. Мало-помалу Урбан привлекал на свою сторону все больше независимых правителей. Испания поддерживала его безоглядно. Французское духовенство постепенно оказалось целиком в его власти. Он поощрял притязания Конрада, сына Генриха IV, настолько рьяно, что тот восстал против собственного отца.
В 1089 году Урбан аннулировал отлучение императора Алексея от церкви, провозглашенное Григорием, чем добился дружеского расположения упомянутого монарха. К 1093 году Урбан уже смог вернуться в Рим, где и поселился в Латеранском дворце.
Воздерживаясь от повторения агрессивных притязаний Григория на верховенство над всеми мирскими властителями, он добился того, что папство не только уцелело, но и завоевало уважение, несмотря на непрекращающиеся раздоры коронованных особ Европы друг с другом. Воззрения Урбана II на положение и верховенство римской церкви по радикальности ничуть не уступали таковым Григория, но подход у него был иной. Он не торопил события, дожидаясь подходящего случая. И тот не замедлил явиться с востока в облике письма от императора Алексея.
