По прошествии шестинедельного траура по усопшему венценосцу состоялось венчание на царство Федора Иоанновича, сопровождавшееся невиданными милостями с его стороны: были уменьшены налоги, возвращены свобода и достояние опальным вельможам, без выкупа отпущены военнопленные, герою Пскова Ивану Шуйскому пожаловали все доходы этого города, а большая группа царедворцев получила боярские звания. Но самыми большими милостями был осыпан Борис Годунов — он и конюший, и ближний великий боярин, и наместник Казанского и Астраханского царств. Беспримерными были и его доходы. Как отмечали современники, Годунов только за свой счет мог выставить 100-тысячную армию.
Во главе регентского совета первое время находился боярин Никита Романович, но тяжелый инсульт свел его в могилу. Умирая, он взял клятву с Бориса Годунова, что тот будет покровительствовать его пятерым сыновьям — молодым братьям «Никитичам», как их называли в народе. Эта смерть обострила дворцовые интриги. Кто был их инициатором, неизвестно, но последующим поколениям россиян настойчиво внедрялась мысль, что именно представители древних княжеских и боярских родов решили избавиться от не в меру честолюбивого и удачливого Годунова. Существует версия, согласно которой бояре планировали даже физически устранить фаворита. Роль «подсадной утки» в этой комбинации должен был взять на себя князь Иван Мстиславский — троюродный брат царя Федора и названый отец самого Бориса. Ему надлежало заманить Годунова к себе на пир, во время которого предполагалось передать царского шурина в руки убийц. Заговор вскрылся. Иван Мстиславский из первосоветника Боярской думы в одночасье превратился в монаха Кирилло-Белозерского монастыря, а его соумышленники (Воротынские, Головины) были заключены в темницу или сосланы в дальние от столицы места. Без наказания остались лишь Шуйские — то ли по ходатайству митрополита, то ли за отсутствием бесспорных улик.
Однако цепь последующих событий дает достаточно серьезные основания предполагать, что инициатором этой интриги был сам Борис Годунов. И вот почему. Вслед за расправой над «заговорщиками» тут же последовала акция против зятя Мстиславского — Симеона Бекбулатовича. Этот Чингисид и родственник царя после своего полупотешного годичного великого княжения во времена Ивана Грозного получил в удел Тверь и титул великого князя тверского. По существу, это было самостоятельное государство, что при определенных условиях могло угрожать как безопасности Московского царства, так и московскому престолу. Его-то Годунов и решил ликвидировать, дабы исключить возможность возрождения исторически беспокойного княжества и устранить гипотетического претендента на царскую корону. Задуманное осуществилось без каких бы то ни было эксцессов: Тверь получила московского наместника, а Симеон был выслан в свое Кушалинское имение.
