Позднее пошли в основном расстрелы чекистов только за откровенную измену в виде работы на чужую разведку или тайную связь с антисоветским подпольем либо эмиграцией, сюда же добавим и расстрелянных за связи с оппозиционными фракциями в самой большевистской партии. Так в результате довольно темной истории в 1926 году за связь с белой эмиграцией арестован и расстрелян сотрудник Донецкого ГПУ Варшавский.
Не обошла эта кампания наведения порядка среди чекистов и многих деятелей прошлой ЧК, имевших бесспорные заслуги перед революцией и защищавших советскую власть в годы Гражданской войны. По такому делу о «красном бандитизме» в 1922 году в Томске осудили тайную организацию бывших партизан, собиравшихся террором бороться за возвращение истинной революции, убивать бывших офицеров царской армии и чиновников, невзирая на их службу Советам, а заодно и «всяких интеллигентов» и «забюрократившихся членов РКП(б)». Организатором этой группы стал действующий сотрудник Томского ГПУ Маслов.
Строже стало отношение и к не политическим шалостям в чекистских рядах, а к коррупции, бытовому разложению или пьянству. На середину 20-х годов приходится приказ заместителя начальника ГПУ Генриха Ягоды о борьбе с пьянством в рядах ГПУ. По словам Ягоды, ситуация с пьянством среди чекистов становилась заметна уже и партийным верхам, особенно досталось за потакание этому пороку сотрудников главному тогдашнему чекисту по Сибири Павлуновскому: «Пьянство вошло в обычное явление, пьянствуют даже с проститутками, о пьянках нашего аппарата известно уже и в Москве. Непьющего товарища начинают избегать. А отдельные товарищи начинают делиться с женами о секретной работе – в результате едут на Соловки». В результате этой первой антиалкогольной кампании в истории спецслужб нашей страны в ГПУ прошли очередные чистки с арестами. В 1926 году начальник Бийского отдела ГПУ в Сибири Вольфрам за систематическое пьянство и финансовые злоупотребления осужден на три года лагерей.
В Одесском ГПУ обнаружили смычку многих руководителей с сильным здесь блатным миром: за взятки блатарей выпускали из тюрьмы и даже выписывали им поддельные ордера ГПУ на обыск, с которыми налетчики грабили под видом чекистов местных нэпманов. Ряд чекистов под началом командира Одесского угрозыска Левитина в те годы вообще создали банду оборотней в кожанках, заманивая на конспиративные квартиры подпольных дельцов, арестовывая их там и затем за крупное вознаграждение выпуская на свободу. Когда все это было раскрыто, а в Одессу ввиду важности дела даже лично выезжал начальник Украинского ГПУ Балицкий – с должности был снят герой подполья Одессы в Гражданскую войну и заместитель начальника Одесского ГПУ Александр Эйнгорн, его отправили для перевоспитания с понижением в ГПУ Ташкента. С началом Большого террора бывшего красного подпольщика и чекиста Эйнгрона родные спецслужбы будут «перевоспитывать» еще и пятнадцатью годами лагерей.
