Только в 1964 г., через 18 лет после окончания МГУ, К. Э. Фабри получил возможность официально заняться изучением поведения и психики животных. Для этого ему пришлось уехать в г. Пущино-на-Оке, где в то время был организован Академгородок. К. Э. Фабри поступил на работу в Институт биофизики, здесь им были выполнены оригинальные исследования импринтинга у птиц, существенно дополнившие классические представления о природе этого феномена.
В 1966 г. А. Н. Леонтьев пригласил К. Э. Фабри для чтения лекций по зоопсихологии и этологии на только что организованном факультете психологии МГУ. Много раньше этот курс в Университете читала Н. Н. Ладыгина-Котс, с началом «оттепели» это почетное право получил ее ближайший ученик. С 1971 г. кафедра общей психологии становится местом его постоянной работы, сначала в качестве старшего преподавателя, затем доцента, а с 1983 г. — профессора. За эти годы сотни студентов прослушали его курс «Основы зоопсихологии», а также спецкурс по этологии, многие выполнили под его руководством курсовые и дипломные работы, защитили кандидатские диссертации. К. Э. Фабри — автор более 200 научных публикаций. Основная тематика его работ, значительная часть которых выполнена в стенах факультета психологии, раскрывает различные аспекты онтогенеза поведения и психики животных, эволюции психики, психической деятельности приматов, этологические и биопсихологические предпосылки антропогенеза. В 1977 г. К. Э. Фабри за написание учебника «Основы зоопсихологии» была присуждена степень доктора психологических наук. С того времени эта книга выдержала 3 переиздания (первые два — в 1976 и 1993 гг.), оставаясь и до сих пор основным и практически единственным учебником по зоопсихологии для студентов высших учебных заведений.
Следует упомянуть еще одну заслугу К. Э. Фабри перед отечественными читателями. Именно благодаря его усилиям труды К. Лоренца и Н. Тинбергена, с которыми, кстати, он вел научную переписку, стали широко доступны в нашей стране. Именно К. Э. Фабри сумел доказать необходимость перевода книг выдающихся этологов, в последствие ставших лауреатами Нобелевской премии, был научным редактором и автором предисловий первых советских изданий их книг.
В 1977 г. при поддержке А. Н. Леонтьева на факультете психологии МГУ была организована небольшая, состоящая всего из трех сотрудников, группа зоопсихологов, которая и стала началом будущей лаборатории зоопсихологии. За прошедший с того времени период из стен лаборатории вышли специалисты, нашедшие приложение свои знаниям в области психологии и поведения животных в научных учреждениях АН СССР и России, в заповедниках, в институтах и научных центрах Академии педагогических наук СССР и России. Было защищено несколько диссертаций, посвященных ориентировочно-исследовательской деятельности животных, исследованию мотивации игр животных, сравнительному анализу манипуляционной активности разных видов млекопитающих, онтогенезу интеллекта антропоидов.
