В этих условиях засилья реакции Рулье решительно и обоснованно выступал против представлений о сверхъестественной природе инстинкта. Подчеркивая, что инстинкты необходимо изучать наравне с анатомией, физиологией и экологией животных, Рулье доказывал, что они являются естественной составной частью жизнедеятельности животных. Это особенно важно, если учесть, что в трудах того времени инстинкты, как и вообще поведение животных, трактовались в отрыве от среды обитания и образа жизни последних. В противоположность упомянутым тео- и телеологическим «объяснениям» Рулье усматривал первопричину происхождения психических качеств и особенностей животных во взаимодействии организма с условиями жизни.
Зарождение и развитие инстинктов Рулье рассматривал как частный случай общей биологической закономерности, как результат материальных процессов, как продукт воздействия внешнего мира на организм. Инстинкт, по Рулье, — это сформировавшаяся на протяжении истории вида, выработанная условиями жизни наследственная реакция на определенные воздействия среды. Конкретные факторы происхождения инстинктов Рулье усматривал в изменчивости, наследственности и постепенном повышении уровня организации животного в ходе исторического развития. В индивидуальной жизни инстинкты могут изменяться в результате накопления опыта.
Иллюстрируя изменчивость инстинктов, Рулье писал, в частности, что подобно тому, как меняются телесные качества животных, «подобно тому, как скот вырождается, как качества легавой собаки, неупражняемой, глохнут, так и потребность отлета для птиц, почему-либо долгое время не отлетавших, может утратиться: домашние гуси и утки сделались оседлыми, между тем каких дикие родичи — постоянно отлетные птицы. Лишь изредка отбившийся от дома домашний селезень во время сиденья его подруги на яйцах, начинает дичать, взлетывать и прибиваться к диким уткам; лишь изредка такой одичавший селезень отлетает осенью с своими родичами в теплую страну и следующею весной опять покажется на дворе, где вывелся».[18]
Как перелетный инстинкт, так и нерестовое поведение рыб Рулье пытается проанализировать, опираясь на достижения естествознания его времени. Стремясь к полноценному естественно-историческому объяснению причины перелета птиц, он полагал, что птицы в свое время («когда на нашей планете начали слагаться климаты») начали выбирать себе наиболее благоприятные местности. Молодые птицы «и теперь отлетали бы от нас только в то время, когда голод, холод и нужда принудили бы их к этому, и полетели бы по тому направлению, по которому постепенно уменьшаются невыгодные для их жизни условия…».
