В ответ на это Церковный собор в 1666 году предал анафеме старообрядцев и принял решение о наказании: старца Аввакума сослали в Пустоозерский острог в Сибирь. Не с тех ли времен Сибирь стала местом наказания всех, кто попадал в опалу? Его последователи, возмущенные репрессиями, вновь пошли в народ, но уже проповедуя активное сопротивление «новой вере» даже путем самосожжения. Те, кто не хотел завершить свою жизнь таким способом, бежали в глушь лесов Поволжья, Севера, подались к рубежам страны, влились в Донскую вольницу. В своих общинах они все также совершали прежние обряды, молились прежним иконам, даже создавали свои школы-грамотицы, где обучали детей старой вере. И поскольку преследования продолжались, стали вспыхивать бунты, и когда разгорелась Крестьянская война под предводительством Степана Разина, староверы охотно присоединились к нему, хотя патриархом был уже другой человек. И самыми упорными в бою были именно бородачи-старообрядцы, которые свято верили, что с возвратом Руси к старой вере и простому люду жить станет легче.
Однако немилость царская не миновала и самого Никона, которому мало показалось быть «вторым „я“» царя Алексея Михайловича, ему хотелось стать «отцом отцов», но царь, чувствуя, как реальная власть переходит к Никону, решил отстранить его от своих дел, и начал с того, что однажды просто не пригласил его на свой пир. Взбешенный Никон отказался от патриаршества и, несмотря на уговоры царя, ушел в Воскресенский монастырь, ведь ему надо было или все, или ничего, и в том самом году, когда старообрядцев предали анафеме, Никона официально лишили сана.
Новый царь, Федор Алексеевич, пытался приблизить к себе опального патриарха, однако патриарх Иоаким сближения не допустил. Мало того, Никона подвергли допросу по тремстам обвинительным статьям и поместили его без права выезда в келье Кирилло-Белозерского монастыря. Лишь накануне смерти ему было разрешено удалиться опять в Воскресенский монастырь, до которого Никон живым так и не доехал. Федор Алексеевич, чувствуя себя виноватым, лично участвовал в похоронах, неся его гроб, добился потом и разрешения у Церковного собора вечно поминать Никона в сане патриарха.
Пришедший к власти Петр I, учел ошибки своих царственных родственников, и чтобы оградить себя и своих потомков от посягательств патриархов на неограниченную власть монархов, в 1721 году учредил Духовную коллегию, переименованную впоследствии в Святейший Синод. Священники стали государственными служащими, получающими твердую зарплату и полностью зависимыми от царя, упразднено было и Патриаршество. Петр ослабил и давление на староверов. Именно в те времена старообрядцы разделились на поповцев и беспоповцев. Первые признавали необходимость духовенства и всех церковных таинств, жили они в основном на реке Керженце, в Стародубье на Дону и Кубани. Так что называть всех старообрядцев кержаками по названию реки Керженец, изобиловавшей староверскими скитами, не совсем правильно в том смысле, что кержаки — люди до конца приверженные старой вере, потому что именно поповцы-керженцы в 1800 году пошли на соглашение с официальной церковью, подчинившись местным епархиальным архиереям, но сохранив при том свою обрядность. И все-таки прозвище это покатилось по Руси, превратившись в конце концов синонимом слова «старовер».
