Тяжелые внешние удары отражаются на внутренних отношениях в Московском государстве, вызывают кризис в правительственных кругах. Годы 1568-1572 – эпоха казней, опал и конфискаций по преимуществу; по своим размерам и интенсивности террор этого времени далеко превосходит первый кризис 1563-1564 гг. В эту пору погибают ближайшие родственники царя, – его шурин, князь Михаил Темрюкович Черкасский, брат его второй жены Марии Темрюковны, кабардинской княжны; подвергается казни двоюродный брат Грозного Владимир Андреевич Старицкий, последний представитель боковой линии московских великих князей; погибает митрополит Филипп, заступавшийся за гонимых вельмож, сам из старобоярского рода; погибают во множестве представители старой аристократии, давно находившиеся под подозрением, а также и многие видные опричники, вчерашние любимцы царя. Смертные приговоры, опалы и убийства помимо суда совершаются над изменниками. Открываются все новые и новые предатели, которые подготовляли передачу Новгорода и Пскова Литве; другие изменники, которые помогали крымцам подойти незаметно к Москве.
Те историки, которые склонны видеть в Иване IV прежде всего нервно-истерическую натуру, считают эту погоню за изменниками преувеличением, внушением воспаленного воображения Грозного, задерганного тяжелыми обстоятельствами жизни и потерявшего душевное равновесие. Нельзя не признать, что в казнях и опалах 1568-1572 гг. еще много неясного, есть трудно разрешимые загадки. Так например, недоумение вызывает гибель дьяка И. М. Висковатого, человека высокоталантливого, который пользовался неограниченным доверием Ивана Грозного и чуть ли не единственный из времени "избранной рады" уцелел при первом правительственном кризисе 1563-1564 гг. В чем мог провиниться Висковатый? Судя по тому мнению, которое он подал на соборе 1566 г., он был против продолжения войны за Ливонию и, может быть, работал в пользу заключения мира с Полыней. Борьба за Ливонию, ускользавшую несмотря на величайшие усилия завершить так удачно начатое дело, становилась для Грозного настолько больным вопросом, что уже всякое возражение в этой области он готов был принять за измену. Но, может быть, за Висковатым числилась и более серьезная вина, чем одно только открытое противоречие, вина тайная?
Осуждению Грозного более всего служили известия о походе в 1570 г. на Новгород, куда он явился во главе большого отряда опричников и где он будто бы открыл полный простор насильничеству и разбою участников карательной экспедиции. В этом отношении невыгодную роль сыграло то обстоятельство, что о новгородских событиях не сохранилось объективных документальных показаний современников. Рассказ новгородского летописца, проникнутый глубокой симпатией к своей родине, звучит горькой жалобой и является обвинительным актом, исходящим из среды друзей и сторонников погибших в 1570 г. людей.
