В 1933 году при Московском отделении Государственной академии истории материальной культуры имени Н. Я. Марра создается Комиссия по строительству метрополитена. Одной из задач комиссии было изучение памятников подземной старины, встреченных на пути трасс метро. Стеллецкий получил пропуск, дававший ему право посещения тех шахт метро, где велись земляные работы. В этом же году в московских газетах появились статьи, авторы которых утверждали: строительство метрополитена доказало, что подземная Москва — миф. В защиту «мифа» выступал один Стеллецкий. «Стремительные темпы ведения работ метро устраняют возможность тщательного и кропотливого исследования встреченных сооружений древности […] Натыкавшиеся на них рабочие не отдавали себе отчета в их научной ценности и значимости и потому никому вовремя не давали знать о таких открытиях, как не заслуживающих, по их мнению, внимания. На упрек, обращенный к рабочим на местах, всегда следовал один ответ: нам никто не сказал. что это интересно или нужно. […] На территории грандиозного Дома Совнаркома (27) проходил подземный ход, начало которого было открыто мною в доме В. В. Голицына (28). При работах по закладке шахты были обнаружены две параллельные стены какого-то тоннеля из массивных дубовых бревен. Управление метро охотно выделило рабсилу для раскопок. На пути, однако, встали выемки строительства. Интересы последнего, конечно, были превыше всего, и работы по раскопкам были прекращены», — писал археолог редактору журнала «Вестник знаний». При поддержке начальника Управления государственного строительства по сооружению метрополитена П. П. Ротерта Стеллецкий подготовил инструкцию для рабочих и план создания музея «Подземная Москва». Поскольку Метрострой не имел лишних помещений, все экспонаты музея разместились в небольшой квартире Игнатия Яковлевича на улице Герцена. После смерти Стеллецкого в 1949 году его вдова бережно хранила эту коллекцию, а в начале 1960-х годов передала ее в один из павильонов ВДНХ, дальнейшая судьба экспонатов неизвестна.
Неоднократно археолог обращался в разные организации, ставя вопрос об использовании подземных сооружений древности и ссылаясь при этом на опыт Парижа, Рима, Лондона: «Везде и всюду подземелья временем и людьми приведены в состояние если не полного, то очень большого разрушения. Общей участи не избежал и Кремль, и потому нельзя обольщать себя мыслью, что достаточно открыть один ход и по нему уже легко пройти подо всем Кремлем, если не подо всей Москвой. В действительности, путешествие по подземной Москве — скачка с препятствиями, притом весьма существенными, устранение которых потребует больших усилий, времени и средств. Но все это ничто в сравнении с возможным идеальным результатом: очищенная, реставрированная и освещенная дуговыми фонарями подземная Москва явила бы из себя подземный музей научного и любого интереса…» Это, да и другие обращения И. Я. Стеллецкого остались без ответа.
