Подвергнутый гонениям со стороны самодержавного режима (аресты, обыски, штрафы, изгнание из учебных заведений, тюремное заключение и уголовное преследование), Боровой бежал за границу. Два года (1911-1913) он провел в эмиграции во Франции, где читал лекции, водил экскурсии по Парижу (и даже издал книгу об этом любимом городе) и основательно изучал философию Бергсона и практику революционного синдикализма. В 1913 году он по амнистии вернулся в Россию и занялся журналистской деятельностью. Призванный в армию с началом Мировой войны, Боровой (как он пишет в автобиографии), «служил в эвакуации. В 1918 г. состоял в звании военного комиссара при Главном Военном Санитарном Управлении». С революцией 1917-1921 годов Алексей Алексеевич стал профессором Московского университета (одним из самых любимых студентами) и ВХУТЕМАСа, возглавил анархические издания «Жизнь» и «Клич», был одним из руководителей Московской Федерации работников умственного труда (попытавшейся объединить на принципах революционного синдикализма интеллектуальный пролетариат) и Московского Союза идейной пропаганды анархизма. (Именно к нему летом 1918 года приехал в первую очередь Нестор Иванович Махно, восторженно отозвавшийся о нем в своих воспоминаниях.) Алексей Алексеевич читает многочисленные курсы, издает книги «Революционное творчество и парламент», «Анархизм», «Личность и общество в анархическом мировоззрении».
Отстраненный в 1921 году большевистским режимом от преподавания, Боровой работал экономистом и сосредоточился на деятельности в музее П. А. Кропоткина (он был заместителем Веры Фигнер — председателя Всероссийского Общественного Комитета по увековечиванию памяти П. А. Кропоткина), готовил новые статьи и книги (в том числе огромную рукопись «Достоевский» и «Разговоры о живом и мертвом» — сочинения, так до сих пор и не опубликованные) и руководил работой анархо-синдикалистского издательства «Голос Труда», выпустившего десятки книг. Совместно с Н. Отверженным Боровой издает книгу «Миф о Бакунине», а в 1926 году под его редакцией выходит сборник «Очерки истории анархического движения в России». Для этой книги, подытожившей историю российского анархизма, Боровой написал превосходную статью «Бакунин» — лучшее и по сей день изложение философских идей Михаила Александровича. В 1929 году Алексей Алексеевич Боровой как «неразоружившийся анархист» был арестован и сослан сначала в Вятку, а потом во Владимир, где он успел умереть своей смертью 21 ноября 1935 года, до конца сохранив человеческое достоинство и верность своему обреченному делу. В эти последние годы он завершил огромную книгу замечательных воспоминаний, подводя итог всей своей жизни, описывая сотни людей, встретившихся на его пути и рефлексируя пережитое. (Эта книга до сих пор ждет публикации.)
