В начале девяностых годов исмаилиты подожгли исфаханскую пятничную мечеть, пожар уничтожил хранящуюся при мечети библиотеку.
После смерти Малик-шаха исмаилиты терроризировали исфаханскую знать. Страх перед тайными убийцами, наводнившими город, порождал подозрения, доносы и расправы.
Положение Омара Хайяма при дворе Туркан-хатун, вдовы Маликшаха, ставшей фактической правительницей, пошатнулось. Турканхатун, не жаловавшая Низам ал-Мулка, не испытывала доверия и к близким к нему людям. Омар Хайям продолжал еще некоторое время работать в обсерватории, однако уже не получал ни поддержки, ни прежнего содержания. Одновременно он исполнял при Туркан-хатун обязанности астролога и врача. Хрестоматийным стал рассказ об эпизоде, связанном с полным крушением придворной карьеры Омара Хайяма, -- некоторые биографы относят его к 1097 году. Болел ветряной оспой младший сын Малик-шаха Санджар, и лечивший его Омар Хайям имел неосторожность высказать сомнение в жизнеспособности одиннадцатилетнего мальчика. Слова, сказанные везиру, были подслушаны слугой и доведены до ушей больного наследника. Санджар, ставший впоследствии султаном, правившим сельджукидским государством с 1118 по 1157 год, на всю жизнь затаил неприязнь к Омару Хайяму.
Исфахан после смерти Малик-шаха вскоре потерял свое положение царской резиденции и главного научного центра, обсерватория пришла в запустение и была закрыта, столица вновь была перенесена в Хорасан, в город Мерв.
Омар Хайям навсегда оставляет двор и возвращается в Нишапур.
В Нишапуре Омар Хайям прожил до последних дней жизни, лишь по временам покидая его для посещения Бухары или Балха и еще раз -ради длительного путешествия -- паломничества в Мекку к мусульманским святыням. Хайям вел преподавание в Нишапурском медресе, имел небольшой круг близких учеников, изредка принимал искавших встречи с ним ученых и философов, участвовал в научных диспутах. Продолжая исследования в области точных наук, он пишет в эти годы физический трактат "Об искусстве определения количества золота и серебра в сплавах из них". Трактат этот, как его оценивают специалисты в наши дни, имел для своего времени большое научное и практическое значение.
К Хайяму, как к искусному астрологу, продолжают время от времени обращаться местные вельможи и даже султан -- именно в этот период, зимою 1114 года в Мерве, и имел место описанный Низами Арузи эпизод точного метеорологического прогноза Хайяма. Садр ад-дин Мухаммад ибн Музаффар, обратившийся к Хайяму от имени султана с просьбой выбрать благоприятный день для выезда на охоту, был внуком Низам ал-Мулка, великим везиром султана Санджара.
