Один ропотливый брат, хуливший все, что совершалось в обители, и самого святого, имел такое видение во сне: будто бы он стоит посреди церкви с поющими; внезапно приходит в нее святой отец и, взглянув на него гневно, говорит: «Этот — хульник: возьмите его из церкви». И тотчас два черных эфиоплянина схватили его, повлекли вон и при этом сильно били. Проснувшись, брат почувствовал сильный страх, и со слезами на глазах поспешил к преподобному просить у него прощения.
Был в его обители благочестивый старец, по имени Константин. Заболев, он скончался. В момент его кончины, ни для кого еще неизвестной, инок Иосиф приблизился к дверям келии преподобного Пафнутия, почивавшего после утреннего славословия, и хотел совершить по монастырскому обычаю Иисусову молитву. Вдруг преподобный отворил оконце и, увидавши Иосифа, сказал:
— Некто сотворил молитву и сказал: старец Константин отошел ко Господу. — Я же, проснувшись и открывши окно, никого не увидал, кроме тебя идущего.
Иосиф заметил:
— Я сейчас только вышел от Константина. Он еще жив.
Но святой повелел ученику идти в келию Константина. Придя туда, Иосиф действительно нашел его преставившимся.
Преподобный Пафнутий имел дар прозорливости: он узнавал по лицу инока, какою страстью тот обуревается, исполнил он или нет положенное на день молитвенное правило; узнавал даже тайные и давние грехи людей, которых в первый раз видел.
Один новоначальный инок, сожительствовавший преподобному и еще не преодолевший в себе страстей, вышел по некоторой нужде из обители. На пути ему встретились миряне и в том числе женщины. Взглянув на них, инок прельстился любострастно женскими взорами и остановился на греховной мысли. Возвратившись в келию святого, согрешивший нашел его за чтением. Посмотрел на своего ученика преподобный, тотчас же нашел его смущенным нечистыми помыслами и, отвратив от него свое лицо, дал понять, что знает его прегрешение. Устрашившись такой прозорливости, брат сообщил о ней своему однокелейнику Иосифу. Тот велел ему исповедать грех преподобному и испросить прощения. Когда инок исполнил это, он получил прощение и отеческое наставление.
Однажды, тоже во время чтения святым Божественного Писания, подошел к его келии человек, сотворил молитву и, посмотрев на святого через оконце, спросил об его ученике Иосифе, которому пришедший был земляком. Увидав совершенно незнакомого человека, святой старец сказал Иосифу:
— Выйди! Злой взором муж спрашивал тебя.
