Ей противостояла Дунайская речная флотилия под командованием контр-адмирала Абрамова, созданная 17 июня 1940 г., после вступления в состав СССР Бессарабии, из части кораблей Черноморского флота (ЧФ) и Днепровской флотилии.
Она располагала 5 речными мониторами, переданными с расформированной Днепровской флотилии, из которых один был вооружен двумя 130-мм орудиями (остальные 102-мм) и 22 бронекатерами (16 из которых были переданы из шхерного отряда Балтфлота), имевшими по одной башне от танка Т-28 с 76-мм орудием, 5 катерных тральщиков с пулеметным вооружением, отряд глиссеров и 18 вспомогательных судов.
Флотилия базировалась на Измаил, Рени, Килию и Вилково. Совместно с флотилией базировался 4-й черноморский отряд пограничных судов (4-й ЧОПС) под командованием капитан-лейтенанта Кубышкина, включавший до 30 различных малотоннажных судов, в том числе 4 малых охотника за подводными лодками. Якорные стоянки и места базирования прикрывались 46-мм отдельным зенитным артдивизионом капитана Шило и 6 береговыми батареями.
Две батареи являлись стационарными и размещались на тщательно замаскированных закрытых позициях в орудийных двориках. Самая мощная из них, 724-я батарея, вооруженная 152-мм гаубицами, размещалась у Рени и имела сектора обстрела вверх по Дунаю до румынского военного порта в Галаце, а вниз до Исакчи.
725-я батарея, имевшая 130-мм морские пушки Б-13, прикрывала непосредственно Измаил. Еще 4 батареи имели мех. тягу и являлись подвижными. Из них 2 батареи были вооружены 45-мм пушками и являлись противокатерными, а еще две имели трехдюймовки.
С воздуха прикрытие флотилии осуществляла приписанная к ней 96-я отдельная истребительная эскадрилья ВМФ (96-я ОИАЭ) под командованием капитана Коробицына, имевшая на вооружении 17 истребителей И-153.
Также к флотилии была приписана пехотная рота, которую иногда не совсем точно именуют ротой морской пехоты, однако по документам она таковой не являлась, хотя выполняла функции этого рода войск.
Отдельная пулеметная рота, также приписанная к флотилии и имевшая 22 пулемета «максим», предназначалась для охраны 724-й батареи.
На суше оборону района прикрытия № 6 на участке от Черного моря до озера Ялуг осуществляла 51-я Перекопская стрелковая дивизия (51-я СД) генерал-майора Цирульникова, имевшая опыт финской войны.
Западнее озера Ялуг и выше по Дунаю и реке Прут размещалась 25-я Чапаевская стрелковая дивизия (25-я СД) полковника Захарченко, участвовавшая в освобождении Западной Украины. Обе дивизии входили в 14-й стрелковый корпус (14-й СК) 9-й отдельной армии.
