Позднее было установлено, что причиной первого взрыва стало касание кораблем одной или нескольких мин японского заграждения. В результате последовала детонация торпеды в носовом аппарате и запаса мин в минном погребе корабля. Эти взрывы полностью разрушили носовую часть броненосца вплоть до мостика. Затем сдетонировали снаряды главного калибра в носовом погребе, и в результате взрыва обрушился мостик, фок-мачта и были сорваны носовые башни. Под конец последовал взрыв котлов от соприкосновения с водой или от сильного сотрясения, вызванного взрывами. В 10.10 на мине подорвался и броненосец "Победа". Но корабль получил незначительные повреждения, принял 550 т воды и своим ходом вошел в гавань. Остальные корабли эскадры немедленно открыли огонь по воде, поскольку считали, что корабли были атакованы подводной лодкой.
Гибель Макарова имела катастрофические последствия как для артурской эскадры, так и для всего дальнейшего хода военных действий на море. Вместе с "Петропавловском" Россия потеряла не только талантливого флотоводца с грамотным штабом и мощный броненосец с хорошо подготовленным экипажем, была утрачена надежда на успешное завершение "маленькой победоносной войны". Перевес сил на море теперь окончательно склонился в сторону японцев, чем они сразу же и воспользовались, начав высадку своих войск.
В 8.00 2 апреля в Порт-Артур прибыл наместник и увидел безрадостную картину. Броненосцы "Цесаревич", "Ретвизан", "Победа", "Севастополь", крейсер "Паллада" и единственный минный заградитель эскадры "Амур" требовали ремонта. Из крупных кораблей эскадры в строю остались лишь два броненосца и четыре крейсера. Из 22 миноносцев в строю было лишь 12, пять находились в доке, остальные ремонтировались и исправляли повреждения. Настроение у всех было подавленным, гибель Макарова стала страшным ударом для личного состава эскадры. Людей снова охватило уныние, флот опять впал в бездействие, и ограничился лишь незначительными выходами в море у порта.
2 апреля крейсера "Ниссин" и "Кассуга" обстреляли Порт-Артур, после чего до 15 апреля японские корабли под Порт-Артуром не появлялись. На русской эскадре это время использовали для постановки минных заграждений с катеров и плотиков. В ночь на 16 апреля японские истребители ставили на рейде мины, но были отогнаны огнем кораблей и батарей. В ночь на 20 апреля японцы предприняли третью попытку загородить проход брандерами. В ней приняло участие 12 пароходов, вооруженных небольшими пушками. Их сопровождали 16 истребителей и 16 миноносцев.
