В ночь на 29 июля 1938 года японцы атаковали пограничный пост в районе озера Хасан и начали наступление на высоту Безымянную. Инцидент приобрел угрожающие масштабы: 6 августа, когда рассеялся туман, в 16 часов сто восемьдесят бомбардировщиков под прикрытием семидесяти истребителей нанесли удар по обороне японцев. Затем, после артподготовки, в наступление пошли танки и пехота.
Конфликт у озера Хасан завершился поражением агрессора. Газеты прославляли мощь Красной Армии. 17 октября Президиум Верховного Совета СССР учредил медали «За отвагу» и «За боевые заслуги». Однако прибывшим на Дальний Восток из Москвы заместителем наркома обороны Мехлисом и специальной инспекцией были выявлены серьезнейшие недостатки в подготовке красноармейцев и организации боевого взаимодействия. Отмечалось, что малограмотные командиры воевали по-партизански, дисциплина хромала. Припомнили, что той же осенью при спасении экипажа самолета «Родина» в результате грубого нарушения правил полетов произошло столкновение в воздухе «Дугласа» и тяжелого бомбардировщика ТБ-3 с десантом. Непорядок отмечался всюду — на суше, в воздухе и на воде. 7 ноября эсминец «Решительный» совершал переход на буксире от гавани Владивосток, где предстояли испытания только что построенного корабля. К вечеру поднялся ветер — до 11 баллов. Буксир лопнул, эсминец ударило о скалу. Корабль разломился.
Череда неудач роковым образом отразилась на судьбе многих неповинных людей, в том числе маршала Блюхера, который умер под следствием 9 ноября 1938 года. А в декабре Берия назначили на место Ежова, который в 1939 году был арестован и в 1940 году расстрелян. Кадровая чистка коснулась и проектировщиков линии Комсомольск — Совгавань. Никакие ураганы, льды и другие причины не принимались в оправдание: «Начинаем строительство. Где трасса? Карты — на стол! Немедленно…»
8 февраля 1939 года уже не только авиагруппу, а всю контору Бамтранспроект передают из НКПС в распоряжение НКВД. Организация получает новое, гораздо более впечатляющее название — Управление по проектированию Байкало-Амурской магистрали — «Бампроект НКВД». Начальником назначают инженера путей сообщения Федора Гвоздевского, присвоив ему ранг, соответствующий генеральскому.
22 февраля 1939 года тяжелую технику, наконец, выгрузили с парохода «Ола». Для этого пришлось оборудовать специальную эстакаду в сорока километрах от Совгавани. Но время было упущено безвозвратно. К марту на восточных склонах Сихотэ-Алиня началось бурное кипение наледей, затем пошли оттепели. Зимние дороги стали непроезжими, и вся тяжесть перевозок легла в прямом смысле слова на плечи изыскательских партий, отрядов и групп. Им пришлось все оборудование и продовольствие тащить на себе, частью на вьючных животных, частью на лодках — где с шестами, где по-бурлацки на канатах. Строгие нормы питания были введены сразу, поскольку угроза голода к концу сезона могла стать вполне реальной.
