В 1878 году мать Юнга проводит несколько месяцев в больнице в Базеле. По мнению Юнга, ее болезнь была вызвана неблагополучным браком. Мальчик реагирует на расставание с матерью экземой, он очень обеспокоен ее отсутствием.
В 1879 году семья переезжает в Клейнхюнинген, тогда деревеньку неподалеку от Базеля, а теперь его промышленный пригород. Больше всего на свете мальчика занимает мир природы: растения, звери, камни — мир таинственного. Дом, в котором жили Юнги, был построен для священника в XVIII веке. В этом доме была одна комната, на стенах которой висели старинные картины. Мальчик часами разглядывал картины, приводившие его в восхищение. «Это было единственное проявление прекрасного, известное мне».
…Карлу всего 5 лет, но отец уже начинает учить его латыни (позже великолепное знание латыни пригодилось ему при расшифровке средневековых алхимических трактатов). Поэтому, когда он в 6 лет идет в школу, учеба не вызывает никаких затруднений — мальчик уже умеет читать и быстро схватывает материал. У него появляются друзья — обычные деревенские ребята, вместе с которыми он учится. До школы Карл все время играл один, очень любил строить башни и затем разрушать их. Наконец-то у него появились товарищи для игр. Они уводили его от самого себя, от чувства неуверенности в себе и от мрачной атмосферы в доме. С самого детства Юнг ощущает свою раздвоенность; в нем как будто живут два человека одновременно: внешний и внутренний. Внешний человек живет обычной жизнью — ходит в школу, учится, иногда ленится, словом, он обычный школьник, сын своих родителей. Внутренний человек, личность номер два, умудренный опытом старик, скептический и недоверчивый. Ему ведомы тайны природы, ночные сны и тайны. В школе, с друзьями, он был личностью номер один, а наедине с собой был личностью номер два и даже искал уединения, чтобы предоставить этой личности возможность проявиться. «Эта игра, это противостояние двух ипостасей моей личности продолжалось всю жизнь, но оно не имеет ничего общего с тем, что медики называют патологическим распадом личности. Наоборот, это происходит со всеми людьми, и прежде всего в том, что касается религии, которая в моей „другой жизни" — внутренней жизни — играла первостепенную роль. „Другой" („номер 2") — типичная фигура, но осознается она очень немногими».
В 1884 году, Юнгу уже 9 лет, рождается его сестра Гертруда. Это событие усиливает его недоверие к родителям, поскольку ее рождение стало для него неожиданностью. Когда мальчик спросил родителей, откуда взялась сестренка, они отделались невразумительной побасенкой про аиста, которой раньше так любили потчевать детей, и он, конечно, понял, что его обманывают, что эта история принадлежит к разряду того, «о чем детям знать не положено».
