Первым сообщил об этом происшествии Шотландской береговой охране капитан парохода «Арчер», который той ночью проходил около Гебридских островов. Однако из-за плохой погоды только спустя несколько дней к острову для выяснения обстоятельств было выслано спасательное судно «Гесперус».
На борту среди других был Джозеф Мур, главный смотритель этого района, когда-то работавший и на острове Фланнан. Обсуждая происшествие с коллегами, Мур был не в состоянии объяснить, что могло привести к сбою в работе или неисправности оборудования; более того, он был лично знаком с тремя людьми, несшими вахту в декабре — Томасом Маршаллом, Дональдом Мак-Артуром и Джеймсом Дукатом, — и знал их как опытных и умелых смотрителей, умеющих держать себя в руках даже в критической ситуации. Когда Мур видел их последний раз три недели назад, все были в добром здравии, и казалось невероятным, что всех троих свалила некая серьезная болезнь, помешавшая им выполнять свои обязанности. Потом Мур поймет, что нечто более странное, чем болезнь, произошло с тремя дежурными.
Когда «Гесперус» подошел к темному острову, его команда увидела, что на пристани их никто не встречает, на регулярные сигналы корабельной сирены тоже не было ответа. Первым на берег сошел Джозеф Мур, он сразу устремился к побеленным стенам маяка. Внутри было холодно, никого не было видно, хотя все остальное было в порядке. В помещении было чисто, все лежало на своих местах, даже фитили в фонарях были чистыми и обрезанными, резервуары полны масла, все было подготовлено, чтобы зажечь маяк в срок. Проверяя вахтенный журнал в надежде отыскать там разгадку, Джозеф Мур с удивлением обнаружил, что в ночь на 14 декабря зафиксирован шторм. Это было действительно странно, так как в тот день погода была относительно спокойной и испортилась только после следующей ночи, когда огни маяка погасли. Последняя запись была сделана Дукатом 15 декабря. Она была короткой: «Шторм прекратился, море, слава Богу, успокоилось».
Доложив о странной ситуации шкиперу «Гесперуса», Мур предложил немедленно тщательно обследовать маленький остров. Так и сделали, но, завершив поиски, команда спасательного корабля не нашла ни смотрителей, ни каких-либо причин их исчезновения. Наследующий день «Гесперус» вернулся на землю без спасенных людей, без трупов и без каких-либо объяснений, оставив на острове Фланнан Джозефа Мура в одиночку управлять маяком. В течение нескольких недель он исходил крошечный скалистый островок вдоль и поперек. У главного смотрителя была масса времени, чтобы поразмыслить над судьбой, постигшей его товарищей.
