Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром: до августа 1998 года -- Сергеем Кириенко, а с осени 1998 года -- Евгением Примаковым.
1 октября 1998 года Путин был введен также в состав постоянных членов Совета безопасности РФ, а 18 ноября указом президента Ельцина включен в обновленный состав Совета безопасности.
В качестве руководителя ФСБ Путин произвел ряд кадровых и структурных изменений, упразднил два крупнейших управления ФСБ: экономической контрразведки (УЭК) и контрразведывательного обеспечения стратегических объектов (УКРО-СО), создав вместо них шесть новых управлений.
Путин добился регулярного финансирования ФСБ и непосредственно у Ельцина, минуя бюрократическую лестницу, -- повышения зарплаты сотрудникам ФСБ, уравняв их с работниками СВР и ФАПСИ. 29 марта 1999 года Путин был назначен секретарем Совета безопасности РФ с сохранением должности директора ФСБ.
В ПЕРИОД ДИРЕКТОРСТВА ПУТИНА В ФСБ В РОССИИ БЫЛИ СОВЕРШЕНЫ СЛЕДУЮЩИЕ КРУПНЫЕ ПРЕСТУПЛЕНИЯ (ПОЧТИ ВСЕ ОСТАВШИЕСЯ НЕРАСКРЫТЫМИ):
Убийство на даче под Смоленском президента Ассоциации российских производителей бриллиантов Александра Шкадова (1 августа 1998 года).
Покушение на мэра Махачкалы Сайда Амирова (8 августа 1998 года).
Взрыв у здания приемной ФСБ на Лубянке (13 августа 1998 года). По обвинению в организации этого взрыва в 1999 году был арестован Александр Бирюков из левацкой группы "Новая революционная альтернатива", признанный впоследствии параноидальным шизофреником.
Убийство главного редактора журнала "Юридический Петербург сегодня" Анатолия Левина-Уткина (20 августа 1998 года).
Убийство во дворе Центральной мечети Махачкалы муфтия Дагестана Саид-Мухаммада Абубакарова и его брата (21 августа 1998 года).
Убийство в Подмосковье президента Российского общественного фонда инвалидов военной службы Алексея Вуколова (3 сентября 1998 года).
Очередное покушение в Махачкале на Сайда Амирова (4 сентября 1998 года).
Убийство в Санкт-Петербурге заместителя председателя городского комитета по потребительскому рынку Евгения Ага-рева (28 сентября 1998 года).
Похищение в Грозном (29 сентября 1998 года) и убийство (3 октября 1998 года) заместителя представителя правительства РФ в Чечне Акмаля Саидова.
Убийство радиоуправляемой миной президента АО "Петербургская топливная компания", бывшего кандидата на пост губернатора Санкт-Петербурга Дмитрия Филиппова, доверенного лица Геннадия Селезнева (умер 13 октября 1998 года от ран, полученных 10 октября).
