В 1957 году «Манчестер» столь же дерзко ворвался и в розыгрыш Кубка европейских чемпионов, дойдя до полуфинала, где все-таки уступил великому мадридскому «Реалу», который в те годы выигрывал главный европейский клубный турнир пять раз подряд. Но в 1958 году «Манчестер Юнайтед» снова вышел в полуфинал Кубка чемпионов, победив по сумме двух матчей белградскую «Црвену Звезду».
6 февраля 1958 года, когда клуб возвращался в Англию из Белграда после игры с «Црвеной Звездой», случилась трагедия. Самолет, на котором летели футболисты, сделав остановку в Мюнхене для дозаправки, после взлета рухнул на землю. В катастрофе погибли 28 пассажиров, среди них были 8 «мальчиков Басби», в том числе и подававший огромные надежды Дункан Эдварде, 3 руководителя клуба и 8 журналистов, сопровождавших команду на игру. Одним из журналистов был знаменитый Фрэнк Свифт, бывший вратарь сборной Англии и клуба «Манчестер Сити».
Остальным футболистам суждено было уцелеть, сам же Мэтт Басби был тяжело ранен, перенес несколько операций и долго восстанавливался. После трагедии он еще долго боялся летать на самолете, и в первый раз решился подняться в воздух, лишь изрядно нагрузившись перед полетом спиртным.
По прихоти судьбы в самолете, потерпевшем в Мюнхене катастрофу, не было помощника Басби Джима Мерфи, который одновременно был тренером сборной Уэльса и как раз в те дни работал с валлийской командой. Мерфи и руководил «Манчестером», пока Басби лечился. Обескровленная команда смогла, тем не менее, дойти до финала Кубка Англии, но проиграла «Болтону» — 0:2.
Несколько лет после этого «Манчестер Юнайтед» оставался середнячком. Но Мэтт Басби вновь кропотливо, исподволь создавал новую великую команду ярких дарований. Уже в начале 60х годов в клубе появились такие звезды, как Денис Лоу и Джордж Бест, а рядом с ними блестяще действовал «старожил» клуба Бобби Чарльтон.
«Манчестер» возрождался, вновь показывая эффективную атакующую игру. В 1963 году клуб выиграл Кубок Англии, в 1965 и 1967 годах становился чемпионом страны. Высшим же тренерским достижением Мэтта Басби стал выигрыш Кубка европейских чемпионов в 1968 году.
В финале «Манчестер» встречался с португальской «Бенфикой», игра выдалась очень упорной, основное время закончилось со счетом 1:1. Но уже в начале дополнительного времени Джордж Бест, обманув серией финтов нескольких защитников, забил второй мяч. Он внес перелом в игру, после этого англичане забили еще два гола и победили со счетом 4:1. Два мяча на свой счет записал в том матче Бобби Чарльтон. Эта великая победа была одержана через 10 лет после мюнхенской трагедии — как великая дань памяти всем погибшим.
