Несколько месяцев республиканцы героическими усилиями сдерживали наступление отрядов Бовеса, нанесли им несколько чувствительных поражений. Но в конце концов сказалось неравенство сил. Против 7-тысячной орды Бовеса Каракас смог выставить лишь 1500 пехотинцев и 600 всадников. Остро сказывалась нехватка оружия. Кроме того, патриотам приходилось сражаться на два фронта, так как испанский гарнизон Пуэрто-Кабельо вновь двинулся на столицу. Боливар разрывался между штаб-квартирой республиканской армии и Каракасом, где его присутствия требовали неотложные правительственные дела. Лихорадочные усилия Боливара срочно закупить несколько тысяч ружей в английских колониях в Карибах не увенчались успехом. 15 июня 1814 г. в быстротечном сражении в Ла-Пуэрте республиканская армия, возглавляемая Боливаром, потерпела сокрушительное поражение и была рассеяна. В руки Бовеса попали вся ее артиллерия и другое вооружение.
Через три недели Боливар с остатками республиканских войск оставил Каракас. Вместе с ним бежала половина населения столицы — более 20 тыс. жителей, надеясь скрыться от террора головорезов Бовеса. Вторая венесуэльская республика пала, хотя разрозненные отдельные очаги сопротивления тлели до конца 1814 года. В одном из последних сражений патриот Амбросио Брабанте копьем пронзил Бовеса. Его место занял X. Т. Моралес, столь же кровавый головорез. По всей Венесуэле испанские роялисты торжествовали победу.
Вынужденный, как и многие другие руководители патриотов, покинуть родную землю, Боливар обратился к своим соотечественникам с посланием, получившим название «Манифест Карупано». Причины крушения второй республики, по его мнению, коренились в том, что испанцам удалось привлечь на свою сторону часть местного населения, в то время как силы патриотов оказались разобщенными.
Действительно, самый влиятельный вожак партизанских отрядов — Мариньо долгое время оставался сторонним наблюдателем агонии второй республики, а когда спохватился, то было уже поздно, и ему самому пришлось спасаться бегством. Своим манифестом Боливар пытался заронить искру надежды в души тех патриотов, кто был деморализован поражением. «Я клянусь вам, дорогие соотечественники, оправдать звание Освободителя, которым меня наградили. Нет такой силы на земле, которая заставила бы меня свернуть с избранного пути. Я вновь вернусь и освобожу вас».
С немалыми трудностями Боливар пробился на новогранадскую землю, где еще развевалось знамя свободы, и обосновался в Картахене, городе, чьим почетным гражданином он являлся. Им движет дерзкая надежда повторить «славную кампанию», которая совсем недавно принесла освобождение Венесуэле. Однако обстановка здесь изменилась к худшему. Разброд, соперничество и интриги среди новогранадских патриотов не позволяли рассчитывать на успех задуманного, и Боливар решает уехать. Дни Новой Гранады были сочтены.
