Система теории доказательств —это последовательность и взаимосвязь в расположении элементов ее содержания. Для теории доказательств как научной дисциплины наиболее целесообразной является схема построения по единому принципу —от общего к частному. В соответствии с этим выделены Общая и Особенная части теории доказательств, соответствующие в целом Общей и Особенной частям доказательственного права. В Общей части дается характеристика задач, предмета, содержания и системы теории доказательств, ее места в системе научного знания. Затем излагаются методические и правовые основы теории доказательств в советском уголовном процессе, система исходных понятий. Далее следуют вопросы целей и предмета доказывания; классификации, относимости и допустимости доказательств; общая характеристика процесса доказывания и его элементов, стадий, способов оценки доказательств, роли и деятельности субъектов доказывания.
В Особенной части теории рассматриваются: отдельные виды доказательств, отдельные этапы доказывания, следственные и судебные действия, доказывание по отдельным категориям уголовных дел. Советская теория доказательств решительно отвергает предустановленную оценку доказательств и не придает какому-либо их виду большего значения, чем другим. Поэтому в основу последовательности их описания не может быть положен принцип возрастания или убывания их ценности, роли и т. п. В Особенной части теории отдельные виды доказательств рассматриваются в той последовательности, которая принята в УПК и которая связана со спецификой способов запечатления существенной информации с небольшими изменениями, обусловленными методическими соображениями. Сказанное относится и к последовательности рассмотрения следственных и судебных действий, особенностям доказывания по отдельным категориям дел и т. д. Для получения полной характеристики теории должны быть описаны также и ее методы. Речь идет именно о методах теории, с помощью которых эта наука познает свой предмет, а не о методах и приемах, вырабатываемых наукой и сообщаемых практике в качестве методов практической деятельности. Если в большинстве случаев разграничение методов научного исследования и методов практической деятельности не представляет труда, то для теории доказательств такое разграничение чревато известными трудностями. Объясняется это особенностью самой практики доказывания. Действительно, практическая деятельность следственных органов и суда в сфере доказывания направлена на установление истины, на познание фактов и их удостоверение. «Продуктом» этой практической деятельности является знание, а потому и методы деятельности носят познавательный характер. Это внутреннее сходство теории доказательств как отрасли науки и практики судебного доказывания проявляется и в единстве их общей методологии —методологии диалектического материализма, служащей базой всех форм и методов познания как в сфере науки, так и в сфере практики. Это в известной степени относится и к так называемым частнонаучным методам познания (наблюдение, эксперимент, измерение, вычисление и т. д.). Целесообразно, однако, охарактеризовать и особенности специальных методов научного исследования, находящихся на вооружении теории доказательств. Конечно, вряд ли можно говорить о специальных методах исследования в том смысле, что они присущи теории доказательств и только ей одной. Очевидно, речь должна идти о методах, свойственных целой группе наук и теорий, в данном случае —группе «отраслевых юридических наук и входящих в их состав теорий». Для теории доказательств как отрасли юридической науки актуальными и специфичными представляются следующие методы:
