Следующий «подвиг» Скорцени совершил 9 ноября 1938 года во время «Хрустальной ночи». Под таким названием фашисты осуществили в Германии и Австрии крупномасштабную операцию, направленную против евреев. По приказу государственного секретаря по вопросам безопасности бригадефюрера Э. Кальтенбруннера гауптшарфюрер СС Скорцени был назначен ответственным за проведение операции в 3-м районе Вены. В этом районе находилось 5 синагог, и все они были сожжены. Кроме того, Скорцени не забыл и о себе лично. Он присвоил виллу, расположенную на Петер-Иорданштрассе, 37, а ее хозяина-еврея отправил в концлагерь. Заслуги Скорцени не остались без награды. Он стал нацистским руководителем венской строительной гильдии, в результате чего ему удалось присоединить предприятия, принадлежавшие евреям, к фирме своего тестя. Надо ли говорить, что обо всех этих «подвигах» в мемуарах Скорцени нет ни слова.
Осенью 1939 года после нападения Германии на Польшу Скорцени решил попытать счастья на фронте. Он вступает в войска СС, проходит специальную подготовку и в составе дивизии СС «Райх» принимает участие в войне с Францией. В апреле 1941 года унтерштурмфюрер Скорцени участвует в нападении на Югославию, а в середине июня уже находился в Польше, где готовился к вторжению в СССР.
Однако война с частями Красной армии оказалась гораздо более тяжелой, чем представлял себе Скорцени. Вот что, например, вспоминает он о потерях, которые понесли фашисты под Москвой:
«В промерзшей, твердой, как камень, земле было практически невозможно хоронить наших мертвых. Мы складывали тела в церкви. Это было страшное зрелище: чудовищное переплетение рук и ног. Скрюченные
тела, навечно застывшие в том положении, в каком они приняли смерть. Покрытые коркой замерзшие глаза, что-то разглядывавшие в ледяном небе. Мы ломали окаменевшие суставы, чтобы придать им подобающий на смертном одре вид. Твердую, как камень, землю брала только взрывчатка. В братских могилах мы хоронили павших каждый день или каждые два дня, в зависимости от интенсивности боев».
Разумеется, такая война не прельщала Скорцени. И в начале 1942 года он под предлогом желудочных колик ложится в госпиталь, а затем отправляется на лечение в Вену. Следующие полгода Скорцени служил в запасном полку СС в Берлине, а затем перевелся в формируемую 3-ю бронетанковую дивизию СС. Но снова оказаться на фронте ему так и не пришлось. Дело в том, что 30 января 1943 года начальником Главного управления имперской безопасности (РСХА) был назначен старый знакомый Скорцени обергруппенфюрер Кальтенбруннер. А в феврале Геббельс провозгласил так называемую «тотальную войну». Вот тогда Кальтенбруннер и вспомнил о Скорцени. Он вызвал его к себе и назначил начальником группы VI Ц VI управления РСХА, на которую возлагались проведения актов диверсий и террора в тылу противника.
