Восемнадцать "городовых" чертежей Ремезовы дополнили сравнительно незначительно. Но семь сделали заново. Именно так был сделан "Чертеж вновь Велико-пермские и Поморские Печерские и Двинские страны до Соловецкие проливы со окресными жилищи". На основе прежних изображений Казахстана и Бухары Ремезов составил интереснейший "Чертеж земли всей безводной и малопроходной каменной степи", который живо интересует историков Казахстана и Средней Азии. Любопытным был и новый "Чертеж града Тобольска и посадов и нагорья и подгорья с улицами". Прошло каких-нибудь три года, но два больших пожара во многом изменили планировку города, особенно его посадов и "подгорья". Кстати, в обоих случаях Семену Ульяновичу пришлось лично участвовать в борьбе с огнем. Впоследствии он вспоминал, как в пожар 4 июня 1704 года пришлось ему отстаивать "город и башни и воеводский двор и приказ и казенные и зелейные амбары и церкви соборные верхи и Троицкую с приказными письмами… и на нижнем посаде по конец татарских юрт русские дворы и по ново-крещенных жителей улицу".
В новом атласе нашлось место для этнографического чертежа с замысловатым названием — "Чертеж и сходство наличие земель всей Сибири Тобольского города и всех розных градов и жилищ и степи". Лежавшие в его основе сведения были собраны еще в 1673 году. Открывало атлас своеобразное предисловие — "Писание до ласкового читателя".
Уже в сентябре 1699 года Виниус направил тобольским властям напоминание о своем задании. Но строительные работы в городе шли полным ходом, и Ремезовы лишь урывками могли трудиться над составлением атласа. Лишь 1 января 1701 года он был закончен. Но уже вскоре выяснилось, что в нем требуются еще некоторые доработки и уточнения. Осенью 1701 года Семен Ульянович решил отправить теперь уже завершенный труд с казаками, которые повезли в Москву "ясачную казну". Между тем терпение Виниуса лопнуло, и он в ноябре 1701 года послал тобольским воеводам приказание немедленно прислать в Москву самого Семена с его атласом.
14 января 1702 года воевода А.М. Черкасский учинил допрос Семену — почему-де он не выполнил наказ главы Сибирского приказа. Ремезов ответил, что давно все отправлено в Москву. Ему поставили на вид то, что об этом он своевременно не доложил воеводам. Пришлось оправдываться "забвением от недоумения".
Полученную чертежную книгу Виниус объявил своей собственностью. Поэтому и он, и его помощники посчитали возможным делать там свои пометки. По ним видно, что кто-то в Москве готовил к атласу особый географический указатель, но так и не довел задуманное до конца. Некоторые географические названия документа переведены на голландский язык. Как раз в это же время Виниус занимался составлением голландско-русского словаря. Тогда же он по указанию Петра Первого новейшие географические сведения посылал в Голландию Николасу Витсену, который собирался переиздать книгу "Северная и восточная Татария" и намеревался составить новую карту Сибири.
