Много времени уходило у Ксенофонтова на дежурства. Секретари ВЧК обязаны были постоянно находиться в ВЧК, в том числе и в ночное время. Ведь в ВЧК, помещавшуюся на Гороховой, 2, в здании бывшего градоначальства, непрерывно шли посетители. Они рассказывали о собраниях контрреволюционеров, готовящихся террористических актах, о фактах спекуляции золотом и платиной, распространении контрреволюционной литературы. Много сообщений поступало по телефону — как днем, так и ночью.
18 декабря Дзержинский и Ксенофонтов узнали о том, что контрреволюционный „Союз защиты Учредительного собрания“ созывает в здании Вольно-Экономического общества конференцию, в которой предполагается участие кадетов, эсеров, меньшевиков, представителей разных „демократических“ организаций. Враги Советской власти намеревались обсудить меры по скорейшему открытию Учредительного собрания, возможно, даже явочным порядком, без разрешения правительства.
Феликс Эдмундович немедленно вызвал комиссара ВЧК И.В. Успенского и выписал ордер на производство ареста и обыска тех, кто окажется в помещении общества. Ордер вместе с Дзержинским подписал Ксенофонтов. В тот же вечер чекисты арестовали всех явившихся на конференцию.
В декабре 1917 года было заключено соглашение между большевиками и левыми эсерами о вхождении последних в Совнарком. Войдя в правительство, левые эсеры потребовали включения своих представителей во Всероссийскую чрезвычайную комиссию, причем без утверждения предложенных кандидатур Советом Народных Комиссаров. Ф.Э. Дзержинский выступил решительно против такого порядка пополнения ВЧК. 8 января 1918 года Совнарком принял решение ввести в состав ВЧК левых эсеров, членов ВЦИК, но с обязательным утверждением кандидатов в Совете Народных Комиссаров. Левый эсер В. А. Александрович стал первым заместителем председателя ВЧК.
К весне 1918 года в ВЧК уже работало около 120 сотрудников. Две трети из них составляли большевики, остальные — левые эсеры. Кроме того, было несколько анархистов. В связи с увеличением аппарата ВЧК Ксенофонтов почти целиком сосредоточил свое внимание на организационной работе.
В марте 1918 года ВЧК вместе с Советским правительством переехала в Москву. Вначале она разместилась в доме на Поварской улице, а в апреле в ее распоряжение передали здание на Большой Лубянке, 11, где ранее находилось страховое общество „Якорь“.
В Москве Ксенофонтову с женой и сыном выделили небольшую комнату на втором этаже 1-го Дома Советов (гостиница „Националы)). Из окна открывался вид на Тверскую. По улице с лязганьем двигались трамваи, проносились редкие автомобили, мчались извозчики, непрерывным потоком шли люди. Отсюда было рукой подать и до Лубянки, и до Центрального Комитета партии на Воздвиженке, и до Кремля. На службу Иван Ксенофонтович выходил рано утром, а домой возвращался далеко за полночь.
