По сравнению с «Монархом» его потомок был на 9 м короче, на 1,7 м шире и на 1,5 м менее глубоко сидел в воде. Его цитадель простиралась на 9,8 м дальше и имела меньшую высоту над ватерлинией, при этом артиллерия была более тяжёлой, а броня более толстой. Однако если «Монарх» стал основоположником типа башенного рангоутного броненосца, удовлетворяя всем требованиям своего создателя, то «Нептун» только подчёркивал недостатки данной разновидности броненосных линкоров, нисколько не способствуя поддержанию репутации Рида.
В части внешних различий между прототипом и калькой главное из них заключалось в том, что «Нептун» обладал двумя дымовыми трубами, не имел навесной палубы над передней башней, его орудийные башни большего диаметра отстояли друг от друга дальше, а грот-мачта возвышалась непосредственно за дымовыми трубами. Центральная надстройка венчалась навесной палубой, простиравшейся в корму до полуюта в двух уровнях, и поддерживалась шахтами сходных трапов в машинно-котельные отделения.
Артиллерия
В качестве «Индепенденсии» корабль должен был получить артиллерию Уитворта – четыре 12м 35-тонных орудия в башнях и пару 8м пушек под полубаком. Это были казнозарядные орудия с шестиугольным в сечении каналом ствола, уже принципиально отвергнутые Королевским флотом. Поэтому для избежания многообразия типоразмеров артиллерийских систем их заменили 38-тонными дульнозарядными орудиями казённого Вуличского арсенала (того же калибра), вкупе с 9» 12-тонными орудиями (также дульнозарядными). К несчастью, пространство вокруг башен было меньше, нежели предусматривалось по стандартам Адмиралтейства и поэтому опасения повреждений, причиняемых палубам и надстройке при залпах 12» орудий полными зарядами, вызвали уменьшение последних с 90,7 до 81,6 кг (с 200 до 180 фунтов). Это, конечно, не замедлило отразиться на мощности орудий далеко не в лучшую сторону. Башни имели диаметр 8,53 м и возвышались над палубой на 2,1 м. Посты заряжания башенных орудий с гидравлическими прибойниками находились по обоим бортам на средней палубе. Погонные 9» орудия вели огонь через бортовые порты и прикрывались с боков бронёй в 203 мм, простиравшейся на всю длину короткого полубака. Сектора обстрела ограничивались 45° от диаметральной плоскости по причине наличия большого сходного люка прямо между обоими орудиями, в который упирались концентрические палубные погоны обоих орудий, так что доворот последних до траверза оказывался попросту невозможен. Поскольку исправление этого недостатка требовало значительных и затратных переделок, этот палубный люк в итоге решили оставить там, где он был.
