Но, терпя оскорбления, отец Михаил продолжал служить Богу, Церкви и людям. Сила Господня укрепила дух отца Михаила. А Покров Пресвятой Богородицы был защитой от бед и скорбей.
6 января 1918 года на реке Конке в районе села Водяное заранее вырубили большую полынью. Трое стражников, жителей этого же села, приехали к отцу Михаилу лошадиной линейкой и говорят: собирайтесь, поедем. А супруга София спрашивает: куда же вы берете батюшку? Стража отвечала без церемоний: куда надо, туда и поедем. Тогда София говорит: куда батюшку Михаила, туда и меня. Связали руки батюшке Михаилу и супруге Софии, посадили обоих на воз и повезли. Остановились у ранее подготовленной полыньи и говорят отцу Михаилу: крест на реке погружал в воду, а теперь, давай, сам погружайся.
Связанный священник усердно попросил прежде дать ему помолиться, а потом: «Бог вам судья». Для вооруженных людей молитва связанного человека в рясе угрозы не представляла, разрешили. Стал отец Михаил на колени, рядом — супруга София, тоже связанная. Помолились, ждут… Привязали им на шеи камни, и говорят: а теперь прыгайте в полынью. Батюшка Михаил перекрестился, как смог, со связанными руками. И полетел первым, за ним — София. Лишь весной нашли их тела на берегу. Но людям запрещено было даже приближаться к усопшим, не то, что предать их земле. Шло время, обнаженные тела их начали тлеть, а кощунственный запрет не снимался. Тогда жители села Водяное тайком предали мучеников земле. Летом того же года палачей отца Михаила и Софии постигла Божья кара. Они были повешены отрядом белой армии.
Судьбы детей о. Михаила — неизвестны.
Так жили и служили и представились ко Господу протоиерей Михаил Шафанов и его супруга София.
Священномученнче Михаиле и мученица София молите Бога о нас.
Представление на канонизацию протоиерея Михаила Шафанова и его супруги Софии
Изучив данные архивов, воспоминаний очевидцев и других документов жизни протоиерея Михаила Шафанова и его супруги Софии, комиссия по канонизации Запорожской Епархии пришла к выводу, что протоиерею Михаилу Шафанову и его супруге Софии были присущи:
— высокое личное благочестие, кротость, долготерпение, непрестанная молитва, ревностное пастырское служение, борьба за сохранение храма, чистота православного исповедания, мученическая кончина за Христа.
Комиссия по канонизации Запорожской Епархии обратилась к Священному Синоду УПЦ с просьбой рассмотреть и решить вопрос о причислении к лику местночтимых Святых протоиерея Михаила Шафанова и его супруги Софии.
