Вскоре после Февральской революции, когда по всей стране громили центральные и местные архивы (особенно полицейские), Николаевский как представитель ЦИКа Советов вошел в комиссию по изучению Архива департамента полиции. В 1918 году вместе с П. Е. Щеголевым он составил проект организации Главного управления архивным делом. Именно Николаевский убедил тогда большевика Д. Б. Рязанова взяться за спасение архивов. В 1919–1921 гг. Николаевский стоял во главе историко-революционного архива в Москве, выпустил ряд книг по истории революционного движения в России и на Западе.
Как социал-демократа Николаевского в первую очередь интересовала история революционного движения в России и в Европе. Но его интересы как историка были гораздо шире. Он был чуть ли не единственным меньшевиком, сумевшим понять трагедию власовского движения и оправдать его (чем вызвал многочисленную критику однопартийцев). Поразительна его способность к доверительным контактам с людьми самых разных политических взглядов, от монархистов до коммунистов. Каждого он убеждал в необходимости немедленно сесть за написание мемуаров или же подробно ответить на специально поставленные вопросы. За справками к нему обращались писатели, историки и публицисты из разных стран. И почти всегда получали от него толковые и конкретные ответы. Он обладал уникальной, почти фотографической памятью и слыл ходячей энциклопедией русской революции. Но меньшевик Николаевский не смог бы завоевать столь безусловного доверия расколотой русской эмиграции и даже командированных за границу советских коммунистов, если бы его личные этические стандарты как историка и собирателя архивов не стояли над политикой и над потребностями момента. Посвященный во многие человеческие и политические тайны своего времени, он ни разу не позволил себе погнаться за сенсацией и опубликовать ставший ему доступным документ в ущерб интересам своего информатора.
Николаевский оставил нам восемьсот с лишним коробок архивных материалов. Сегодня они хранятся в Гуверовском институте (Стенфорд, США). Как историк и публицист он опубликовал множество статей на русском и основных европейских языках. Уделяя много времени архивам, переписке с людьми и политической деятельности, Николаевский был, к сожалению, менее продуктивен как писатель. Его самая известная книга — об Е. Ф. Азефе, написанная в 1932 году, сегодня не кажется очень ценной. Но и тут следует отдать должное Николаевскому: к концу жизни он стал понимать, что сложившийся взгляд на Азефа, перешедший к историкам по наследству с дореволюционных времен и сформулированный В. Л. Бурцевым и А. А. Лопухиным, далек от истинного. Он предполагал использовать эту информацию для нового издания книги об Азефе, но, к сожалению, не успел этого сделать.
