Тем временем его случай привлек внимание других медиков, в частности доктора Байджелоу (Bigelow) из Гарвардского университета в Бостоне, штат Массачусетс. Байджелоу пригласил Финеаса приехать в Гарвард для прохождения тщательного обследования. В то время не существовало каких-либо выработанных способов исследования мозга, и врачи еще только пытались выяснить, как он работает. Случай, подобный произошедшему с Финеасом, и был одной из возможностей для исследования работы мозга. В те дни существовали две основные научные школы, имевшие собственные взгляды на работу мозга. Одни ученые, подобно доктору Байджелоу, считали, что мышлением и поведением человека управляет весь мозг в целом и что повреждение одной части мозга приведет к тому, что другие части мозга попытаются компенсировать ослабление ее возможностей.
Представители конкурирующей школы придерживались концепции так называемой локализации функции мозга (с ней был согласен и доктор Харлоу). Эта концепция предполагала, что конкретные области мозга имеют конкретные функции и что повреждение одной области приводит к нарушению соответствующих мыслительных или поведенческих функций. Зарождавшаяся в те годы «наука» френология поддерживала эту точку зрения и пыталась дать ее наглядное отображение с помощью френологических моделей черепов. (Френологическую парадигму широко использовали в XIX веке для объяснения работы мозга. Функции каждого отдела мозга определяли путем изучения внешних характеристик черепа. Выпуклости и углубления на черепе ассоциировали с особенностями характера его обладателя и, таким образом, рисовалась «ментальная карта» мозга. Френологическая концепция особенно нравилась женщинам: так как между черепами мужчин и женщин невозможно было обнаружить принципиальных различий, то этот факт помогал женщинам в их борьбе за равноправие с мужчинами.)
Сторонники обеих школ проявляли понятный интерес ко всем случаям, подобным случаю Финеаса Гейджа. Врачам не так часто предоставлялась возможность изучить последствия такого серьезного повреждения лобных долей головного мозга. Практически во всех случаях люди, получавшие подобные травмы, умирали. Как часто бывает в спорах между научными школами, случай Гейджа стал трактоваться сторонниками каждой из школ как подтверждающий правильность именно их воззрений. С одной стороны, утверждалось, что другие области мозга Финеаса взяли на себя функции поврежденных областей, так как в противном случае пострадавший или умер бы, или испытывал бы более глубокие последствия своей травмы и, вероятно, не мог бы правильно рассуждать, контролировать свои движения, разговаривать и т. д. Случай Гейджа приводился и в поддержку идеи о том, что мозг является целостным комплексным органом, работающим как единый механизм, и что он обладает врожденной гибкостью, позволяющей неповрежденным областям выполнять функции поврежденных. Доктор Байджелоу верил в правильность этих представлений и, возможно, сознательно недооценивал характер изменений, произошедших с Гейджем после несчастного случая, чтобы подкрепить свою точку зрения.
