Всегда мягкая, любящая и тихая, она более не находит утешения в молитвах. В ноябре 1559 года она отправляется с Иваном в Ферапонтов монастырь в Можайске. Здесь в холодной келье у нее начинается сильное недомогание. Сильвестр, который сопровождает царскую чету в этом паломничестве, тут же начинает говорить, что это знак недовольства Всевышнего. Рядом нет ни лекарей, ни лекарств. Иван в страшном волнении требует немедленно возвращаться. В повозке Анастасию привозят в Москву. Она выздоравливает, но в июле 1560 года та же болезнь снова настигает ее. Состояние царицы быстро ухудшается, она уже не встает. В это время недалеко от Кремля вспыхивает пожар. Языки пламени, подгоняемые ветром, лижут стены дворца. В своей спальне Анастасия слышит рев огня, треск падающих балок. Ей кажется, она вернулась в год своей свадьбы. У нее нервный припадок, ни доктора, ни священники не могут ее успокоить. Иван велит отнести ее на носилках в загородный дворец в Коломенском, в десяти верстах от Москвы. Сам же возвращается в город и руководит борьбой с огнем. Осыпаемый искрами, отдает приказы. Бояре работают топорами, взбираются на крыши, передают друг другу ведра с водой. Когда огонь потушен, царь возвращается к Анастасии, у которой сильный жар. В бреду ей кажется, что со всех сторон ее и детей окружает пламя. Ни микстуры, ни порошки не приносят облегчения. Вокруг священнослужители служат молебны. Коленопреклоненный Иван вручает судьбу свою Господу. Пусть Бог услышит его. В эту минуту он готов на любые жертвы, откажется даже от Ливонии во имя выздоровления любимой жены. Анастасия умирает 7 августа 1560 года в пять часов утра.
Отчаяние царя граничит с безумием. Жители Москвы оплакивают милосердную царицу. Когда проходит похоронный кортеж, рыдания заглушают церковное пение. Нищие отказываются от милостыни, которую по обычаю им раздают, не желая никакого утешения в этот день всеобщего траура. Государь с непокрытой головой идет за гробом. Его поддерживают брат Юрий и двоюродный брат Владимир. Он шатается, рыдает, бьет себя кулаками в грудь. Митрополит Макарий, заливаясь слезами, уговаривает царя подчиниться воле небес. Иван не слушает его. Замкнувшись в себе, пытается понять, за что так сурово наказан. Его любимая Анастасия похоронена в Вознесенском монастыре на территории Кремля.
