С 21 февраля по 2 марта 1994 года в соборе Сан-Кристобаля при посредничестве городского епископа Самуэля Руиса проходит мирный диалог между командованием САНО и представителем правительства Мануэлем Камачо Солисом. Диалог заключается в передаче властям требований восставших и получении ответа и предложений правительства для их обсуждения в общинах.
12 июня 1994 года, после их обсуждения во всех гражданских общинах, САНО отвергает условия правительственных предложений о мирном урегулировании конфликта, однако при этом она обязуется соблюдать соглашение о прекращении огня и созывает Гражданскую Демократическую Конвенцию, для проведения которой в сельве, в районе селения Гуадалупе-Тепейак строится первый Агуаскальентес — нечто наподобие центра для контактов с гражданским обществом. Цель Конвенции — встреча всех демократических сил страны для создания широкого единого социального движения для свержения диктатуры ИРП. Гражданская Демократическая Конвенция проходит с 6 по 9 августа, в ней участвуют около семи тысяч делегатов со всей страны.
19 декабря в обход военных застав и КПП сапатисты прорывают кольцо военного окружения и мирно занимают позиции в новых селениях, которые раньше находились вне зоны конфликта.
В феврале 1995 года начинается новый раунд переговоров между правительством и САНО. Тем не менее, 9 февраля, в нарушении договора о прекращении огня, федеральные силы неожиданно атакуют Гуадалупе-Тепейак — место, где расположен генеральный штаб сапатистов, с целью физического уничтожения руководства движением. Войска разрушают Агуаскальентес, библиотеку, школы и жилища и оккупируют часть повстанческих общин. САНО отступает в горы. Вместе с ней в горы, спасаясь от репрессий военных, уходят более 30 тысяч гражданских жителей. Одновременно с военным ударом, правительство «разоблачает» «настоящую личность Маркоса»: это Рафаэль Себастьян Гильен Висенте, 39 лет, выходец из семьи торговцев мебелью города Тампико, закончивший философский факультет Мексиканского национального автономного университета (УНАМ), бывший, до ухода в подполье, преподавателем теории коммуникационных технологий Столичного автономного университета.
В апреле 1995 года в поселке Сан-Андрес-Ларраинсар, переименованном сапатистами в Сакамч’ен-де-лос-Побрес, возобновляются переговоры между сапатистами и правительствам. Повстанческую делегацию возглавляет команданте Тачо. Переговоры продолжаются в течение десяти месяцев, в работе обеих сторон участвуют советники и специалисты самой разной политической ориентации. Подписанные САНО и федеральным правительством первые «соглашения Сан-Андреса», предполагающие изменение конституции Мексики и признания в ней прав и культуры индейских народов, а также права на автономию и самоуправление индейских общин и населяемых ими территорий, так и остались на бумаге, и их существование просто игнорируется нынешними властями.
