Тем временем мексиканский президент Мигель де ла Мадрид начал проведение в мексиканской экономике неолиберальных реформ, резко обостривших противоречия в сельской местности. Участились нападения на диссидентские общины со стороны «белых гвардий» латифундистов. Общины обратились к сапатистам с просьбой сначала взять на себя функции по их защите от нападений, а затем и обучить их воевать в обмен на питание и обеспечение продуктами первой необходимости САНО, находившейся в горах. Так началось постоянное сотрудничество между сапатистами и общинами, постепенно приведшее к фактическому слиянию и объединению одних с другими.
В 1992 году мир отмечал 500-летие открытия Америки. В этом же году правительство Карлоса Салинаса де Гортари внесло в 27 статью конституции Мексики поправку, позволяющую куплю-продажу общинных земель, что под давлением местной сельскохозяйственной олигархии и транснациональных корпораций, заинтересованных с природных богатствах Чьяпаса ставило под угрозу само существование индейских общин и привело к стремительному росту рядов САНО. В течение одного года число регулярных сил Сапатистской армия выросло от нескольких десятков до нескольких тысяч бойцов. Когда мексиканское правительство приняло решение о подписании договора НАФТА, призванного покончить с остатками мексиканской независимости и передать природные ресурсы страны на волю рыночных стихий, организованные сапатистские общины в результате всеобщей консультации населения принимают решение о вооруженном восстании. В декабре 1992 года командование Сапатистской армии, к этому моменту уже полностью подчиненной гражданским общинам, получает от них приказ о подготовке войны против федерального правительства. Субкоманданте Маркос, являвшийся командиром САНО, просит год срока для подготовки войны. Вооруженное восстание назначено на 1 января 1994 года, дату вступления в силу только что подписанного договора НАФТА.
В условиях глубочайшей секретности, которой способствуют только что принятый сухой закон и удаленность повстанческих общин от основных центров цивилизации, сапатисты весь 1993 год готовят эту войну. В коллективном заговоре участвуют десятки тысяч индейцев. В военной структуре САНО предусмотрены три уровня участия: базы поддержки — гражданские участники движения, оказывающие всяческую посильную помощь армии и принимающие участие в мирных мобилизациях, милисианос — проходящие курс военной подготовки в рядах САНО, но основную часть времени занимающиеся крестьянским трудом в общинах, готовые к мобилизации в случае тревоги или ведения военных действий, и
