Сразу же после своего избрания он заявил, что его деятельность, как видимого главы Вселенской Церкви, будет направлена, главным образом, на защиту свободы Церкви и чистоты Христова учения. Его первое окружное послание от 4 октября 1903 содержит его программу: Instaurare omnia in Christo "Всё соединить под Главою Христом" (Ефес. 1,10). Оно всё проникнуто глубокой верой. В нем проявляется твёрдость в исповедании этой веры и в борьбе, которую придётся предпринять против врагов имени Божия. Но всё смягчено пламенной Христовой любовью к душам человеческим. Нельзя создать никакого мира и никакого порядка, "если изъять, исключить Бога как это делается сейчас во многих странах". Всё соединить во Христе можно лишь придя ко Христу-Главе. Этот путь совершается через послушание единой всецерковной иерархии и творческой христианской деятельностью всех, клира и Мирян. И Пий X рисует здесь план Католического Действования, как в области хозяйственной, так и в общественной жизни. Можно сказать, что все последующие акты и распоряжения Пия X имели своим отправным пунктом указанную энциклику.
Одним из первых его мероприятий была конституция Sede vacante, "При незамещённом первосвятительском престоле", от 20 января 1904 года; в ней авторитетно указывалось на отсутствие каких бы то ни было прав правителей государств заявлять вето на конклавах. Запрещалось произносить такое вето под страхом отлучения от Церкви. Это постановление Пия X было вызвано вышеупомянутым выступлением Австрийского императора.
Несколько дней после своего восшествия на папский престол, Пий X возвёл в кардинальское достоинство и назначил "Государственным Секретарём" - высшим в Католической Церкви ответственным лицом после папы-совсем ещё молодого епископа Рафаила Мерри дель Валь. Этим актом новый папа показал, что он ценит выше всего святость и что он не связан националистическими предрассудками. Владыка Рафаил был действительно прелатом глубокой, чисто священнической, жизни, он был как бы овеян благодатью; он был испанцем, а мать его 1 была англичанкой. До самой смерти Пия X, кардинал Мерри дель Валь был его верным сотрудником и безропотно нес тяжкое бремя "государственного секретаря , то есть представителя Церкви в сношениях с разными правительствами и главами государств.
На послов при Св. Престоле новый папа произвёл огромное впечатление. Они были поражены не только его святостью, его простотою и отеческой приветливостью, но и его отчётливым пониманием подчас весьма сложных международных вопросов. Прусский посол сказал однажды кардиналу Мерри дель Валь: "Есть что-то загадочное в этом папе, достаточно на него посмотреть, чтобы испытать чарующее впечатление". А верующие сразу увидели в нем как бы "старца старцев", как выражался о папе Константин Леонтьев.
