Итогом затянувшихся мучительных переговоров стала Флорентийская уния. Ее подписали лишь в июне 1439 года. Когда наконец объявили о союзе церквей, зазвонили колокола по всей Европе вплоть до Англии. Лишь один из представителей православной церкви отказался подписать документ, составленный в таких выражениях, чтобы кое-как смягчить некоторые из ключевых вопросов: претензии папы на верховное господство принимались наряду с понятием filioque, хотя православной церкви не предъявлялось жесткого требования включить его в «Символ веры». Однако одобрительное отношение греков к унии начало таять еще до того, как на документе высохли чернила. Когда посольство вернулось в Город, православные встретили его враждебно; многие из тех, кто поставил на документе свои подписи, немедленно отозвали их. Патриархи восточной церкви выразили несогласие с решением, принятым их послами. Следующий константинопольский патриарх Григорий Мамма, сторонник союза, был чрезвычайно непопулярен, и отпраздновать заключение унии в соборе Святой Софии оказалось невозможным. В итоге горожане разделились на два лагеря. Константин и большая часть его ближайшего окружения (знать, офицеры и гражданские чиновники) поддерживали унию. Все остальные — и народ, и церковники — полагали, что уния была навязана им продажными франками и что их бессмертные души подвергаются опасности из-за низменных материальных причин. Народ был настроен глубоко «антипапистски»: он привык отождествлять папу с Антихристом, «волком, разрушителем». «Рум папа» — «Папа римский» — было распространенной в Городе кличкой собак. В Константинополе сформировался подверженный изменчивым настроениям пролетариат: обедневший, подозрительный, он легко склонялся к мятежу и беспорядку.
«Море религиозных волнений», унаследованное Константином вместе с императорским титулом, не было чем-то нетипичным для долгой византийской истории: одиннадцатью веками раньше доктринальные споры точно так же тревожили Константина Великого. Константин XI, больше солдат, нежели теолог, относился к унии сугубо прагматически. Он думал лишь о том, как спасти Город, чье древнее прошлое было вверено ему, и если уния давала единственную возможность совершить это, он не возражал. Однако такое решение не прибавило ему популярности среди граждан его страны. Конституционный статус императора также вызывал сомнения, поскольку Константина официально не короновали в Мистре. Церемония должна была пройти в храме Святой Софии, однако возникло подозрение, что коронация униата-императора униатом-патриархом может вызвать серьезные общественные беспорядки. Дело замолчали и отложили в долгий ящик. Многие горожане отказывались упоминать нового императора в своих молитвах, а один из наиболее скептически настроенных участников церковного собора, Георгий Схоларий, приняв монашеское имя Геннадий, удалился в монастырь и принялся за организацию сопротивления в виде синода клириков — противников унии. В 1451 году патриарх Григорий устал от неутихавшей враждебности и отправился в Рим, где дал папе Николаю исчерпывающие сведения о действиях противников унии. Подходящей кандидатуры ему на замену не нашлось. С того времени в Константинополе не осталось ни вполне законного императора, ни патриарха.
