В это же время на другом берегу Невы у костра сидит компания, состоящая из кликуш, беглых матросов, раскольников и прочих маргиналов. Разговор идет о Петре, которого считают Антихристом; толкуется Апокалипсис. Все надежды возлагаются на кроткого наследника — царевича Алексея.
Беседующие расходятся по домам. Старец Корнилий зовет своего ученика Тихона Запольского (тот — сын казненного Петром стрельца, прошедший весь обычный путь русского дворянина при царе-плотнике: насильное обучение, Навигацкая школа, заграница) бежать из Петербурга. Тихон вспоминает разговоры со своим немецким учителем Глюком, его беседы с генералом Брюсом о комментариях Ньютона к Апокалипсису. Глюк зовет Тихона в Стокгольм — дальше идти по пути Петра. Тихон выбирает Восток и уходит со старцем искать град Китеж.
Алексей посещает полубезумную царицу Марфу Матвеевну, вдову Федора Алексеевича. Здесь ему передают письма от насильно постриженной в монахини матери. Царевича уговаривают не сдаваться, ждать смерти отца.
Книга третья написана в форме дневника дамы Арнгейм — фрейлины жены царевича Шарлотты. Она — просвещенная немка, знакомая с Лейбницем. В своем дневнике она пытается понять, как может сочетаться в русском царе дикое варварство с стремлением к европеизации. Арнгейм рассказывает о странном нраве Петра, о том, как строился Петербург; пишет об отношениях царевича с нелюбимой женой. В дневник включено описание смерти и похорон Марфы Матвеевны — последней русской царицы. Новая Россия хоронит старую, Петербург — Москву.
Приводится и дневник самого Алексея, в котором он сокрушается о подмене православия лютеранством, комментирует петровские указы, пишет о положении церкви при Петре-Антихристе.
Несмотря на предупреждение о начинающемся наводнении, Петр устраивает в доме Апраксина ассамблею. В самый разгар бесед с архимандритом Феодосием, призывающем закрыть монастыри и уничтожить иконопочитание с разными ересиархами и прочими ненавистниками православия, в дом врывается вода. Петр участвует в спасении людей. Проведя много времени в холодной воде, парь сильно простужается. Ходят слухи, что он при смерти. К царевичу, наследнику, то и дело являются разные чиновники с уверениями в своей лояльности. О. Яков Игнатьев настаивает, чтобы Алексей не отступался.
Царь выздоравливает; ему известно все о поведении сына во время болезни. На исповеди духовник Алексея о. Яков отпускает царевичу грех желания смерти отцу, но сам Алексей чувствует, что церковь зависит от политики; его совесть нечиста. Петр гневается на сына, грозит лишением наследства. Алексей просит отправить его в монастырь, но Петр понимает, что это не решит проблему: он предлагает сыну либо «исправиться», либо грозит «отсечь, как уд гангренный».
