Герой романа, молодой немец по имени Ганс Касторп, приезжает из Гамбурга в санаторий «Берггоф» навестить своего двоюродного брата Иоахима Цимсена, проходящего там курс лечения. Ганс Касторп намерен провести в санатории не более трех недель, но к концу намеченного срока чувствует недомогание, сопровождающееся повышением температуры. В результате врачебного осмотра у него обнаруживаются признаки туберкулеза, и по настоянию главного врача Беренса Ганс Касторп остается в санатории на более долгий срок. С самого момента приезда Ганс Касторп обнаруживает, что время в горах течет совсем не так, как на равнине, а потому практически невозможно определить, сколько дней, недель, месяцев, лег прошло между теми или иными описываемыми событиями и какой срок охватывает действие всего романа. В самом конце романа, правда, говорится, что Ганс Касторп провел в санатории в общей сложности семь лет, но даже эту цифру можно рассматривать как определенную художественную условность.
Собственно говоря, сюжет и события, случающиеся в романе, совершенно не важны для понимания его смысла. Они лишь повод для того, чтобы противопоставить различные жизненные позиции персонажей и дать автору возможность высказаться их устами по многим волнующим его проблемам: жизнь, смерть и любовь, болезнь и здоровье, прогресс и консерватизм, судьба человеческой цивилизации на пороге XX столетия. В романе чередой проходят несколько десятков персонажей — в основном пациенты, врачи и обслуживающий персонал санатория: кто-то выздоравливает и покидает «Берггоф», кто-то умирает, но на их место постоянно поступают новые.
Среди тех, с кем Гане Касторп знакомится уже в первые дни своего пребывания в санатории, особое место занимает господин Лодовико Сеттембрини — потомок карбонариев, масон, гуманист, убежденный сторонник прогресса. При этом, как истинный итальянец, он страстно ненавидит Австро-Венгрию. Его необычные, подчас парадоксальные идеи, высказанные к тому же в яркой, часто язвительной форме, оказывают огромное влияние на сознание молодого человека, который начинает почитать господина Сетгембрини как своего наставника.
Важную роль в истории жизни Ганса Касторпа сыграла и его любовь к русской пациентке санатория мадам Клавдии Шоша — любовь, которой он в силу полученного им строгого воспитания в кальвинистской семье поначалу противится всеми силами. Проходит много месяцев, прежде чем Ганс Касторп заговаривает со своей возлюбленной — это происходит во время карнавала накануне великого поста и отъезда Клавдии из санатория.
