Во многих отношениях власть мусульман продолжала политику предшественников. Из папирусов с административными записями мы многое знаем о будничной жизни
Египта. Налоги собирались мусульманами так же, как до того византийцами, и языком управления оставался греческий. Понадобилось еще полстолетия, чтобы государственным языком стал арабский.
Однако приход мусульман произвел и много коренных перемен. Самая очевидная состояла в том, что приказы теперь исходили не из Константинополя, а из Медины, и наместником стал не говорящий по-гречески христианин, а арабоязычный мусульманин. Индикатором этой перемены стало изменение в направлении потока зерна. Египетское зерно кормило сначала Рим, а впоследствии Константинополь. После завоевания оно потекло в Медину и Мекку. Одним из первых проектов нового правительства стало восстановление древнего канала, тянувшегося от Нила у современного Каира к Красному морю. Теперь зерно с тучных полей Египта отправлялось прямо в новую столицу.
Существует версия, что Амр намеревался сделать Александрию своей столицей, что было бы вполне естественным, однако этому воспрепятствовал халиф Умар, опасавшийся христианского и эллинистического влияния большого города. Поэтому правитель со своим войском обосновался к северу от крепости Вавилон на участке земли, ставшем зародышем старого Каира. Египетско-арабская традиция утверждает, что так решил сам халиф Умар, который, как и в случае с Куфой и Басрой, не желал, чтобы арабские войска отделяла от Аравии водная преграда. В то же время участок занимал удачную стратегическую позицию в верховьях дельты, всего в нескольких километрах от Мемфиса — столицы фараонов. Здесь была построена первая мечеть. Хотя большую часть ее составляют позднейшие перестройки, она до сих пор известна как мечеть Амра и находится на том же месте, где он ее выстроил. Вокруг мечети арабы разбили свои шатры и выстроили хижины. Названия поселившихся здесь племенных групп заботливо сохранялись египетско-арабской традицией, и на протяжении еще двух веков предки, пришедшие сюда с армией завоевателей, обеспечивали потомкам не только социальный престиж, но и долю в налоговых поступлениях. Списки показывают, что большую часть поселенцев составляли арабы с юга, из оседлых областей Йемена и Хадрамаута в Южной Аравии. Поселение получило название Фустат, то ли от одного из арабских слов, обозначающих шатер, то ли от искаженного греческого «фоссатон», то есть «ров».
